ପ୍ରୋପିଓନିକ ଏସିଡ୍ (PPA), ଏକ ଆଣ୍ଟିଫଙ୍ଗାଲ୍ ଏଜେଣ୍ଟ ଏବଂ ସାଧାରଣ ଖାଦ୍ୟ ଯୋଗକାରୀ, ମୂଷାଙ୍କ ମଧ୍ୟରେ ଅସ୍ୱାଭାବିକ ନ୍ୟୁରୋବିକଲ୍ପମେଣ୍ଟ୍ କାରଣ ବୋଲି ଦେଖାଯାଇଛି ଯାହା ଅନ୍ତନଳୀ ଡିସବାୟୋସିସ୍ ଦ୍ୱାରା ହୋଇପାରେ। ଖାଦ୍ୟପେୟ PPA ଏକ୍ସପୋଜର ଏବଂ ଅନ୍ତନଳୀ ମାଇକ୍ରୋବାୟୋଟା ଡିସବାୟୋସିସ୍ ମଧ୍ୟରେ ଏକ ଲିଙ୍କ୍ ପ୍ରସ୍ତାବ ଦିଆଯାଇଛି, କିନ୍ତୁ ସିଧାସଳଖ ତଦନ୍ତ କରାଯାଇ ନାହିଁ। ଏଠାରେ, ଆମେ ଅନ୍ତନଳୀ ମାଇକ୍ରୋବାୟୋଟା ରଚନାରେ PPA-ସମ୍ପର୍କିତ ପରିବର୍ତ୍ତନଗୁଡ଼ିକର ତଦନ୍ତ କରିଥିଲୁ ଯାହା ଡିସବାୟୋସିସ୍ ହୋଇପାରେ। ମୂଷାଙ୍କ ଅନ୍ତନଳୀ ମାଇକ୍ରୋବାୟୋମଗୁଡ଼ିକୁ ଏକ ଚିକିତ୍ସା ନକରି ଖାଦ୍ୟ (n=9) ଏବଂ ଏକ PPA-ସମ୍ପୃଦ୍ଧ ଖାଦ୍ୟ (n=13) ଖୁଆଇ ଦିଆଯାଇଥିଲା ଯାହା ମାଇକ୍ରୋବାୟଲ୍ ରଚନା ଏବଂ ଜୀବାଣୁ ମେଟାବୋଲିକ୍ ପାଥୱେରେ ପାର୍ଥକ୍ୟ ମୂଲ୍ୟାଙ୍କନ କରିବା ପାଇଁ ଲମ୍ବା-ପରିସର ମେଟାଜେନୋମିକ୍ ସିକୋଇନ୍ସିଂ ବ୍ୟବହାର କରି କ୍ରମବଦ୍ଧ କରାଯାଇଥିଲା। ଖାଦ୍ୟପେୟ PPA ଅନେକ ବ୍ୟାକ୍ଟେରୋଏଡ୍ସ, ପ୍ରିଭୋଟେଲା ଏବଂ ରୁମିନୋକୋକସ୍ ପ୍ରଜାତି ସମେତ ଗୁରୁତ୍ୱପୂର୍ଣ୍ଣ ଟ୍ୟାକ୍ସାର ପ୍ରଚୁରତାରେ ବୃଦ୍ଧି ସହିତ ଜଡିତ ଥିଲା, ଯାହାର ସଦସ୍ୟମାନେ ପୂର୍ବରୁ PPA ଉତ୍ପାଦନରେ ଜଡିତ ଥିଲେ। PPA-ଉଦ୍ଭାସିତ ମୂଷାଙ୍କ ମାଇକ୍ରୋବାୟୋମଗୁଡ଼ିକରେ ଲିପିଡ୍ ମେଟାବୋଲିଜିମ୍ ଏବଂ ଷ୍ଟେରଏଡ୍ ହରମୋନ୍ ଜୈବସଂଶ୍ଳେଷଣ ସହିତ ଜଡିତ ଅଧିକ ପଥ ମଧ୍ୟ ଥିଲା। ଆମର ଫଳାଫଳ ସୂଚାଇ ଦିଏ ଯେ PPA ଅନ୍ତନଳୀ ମାଇକ୍ରୋବାୟୋଟା ଏବଂ ଏହାର ସମ୍ବନ୍ଧିତ ମେଟାବୋଲିକ୍ ପାଥୱେକୁ ପରିବର୍ତ୍ତନ କରିପାରିବ। ଏହି ପରିଲକ୍ଷିତ ପରିବର୍ତ୍ତନଗୁଡ଼ିକ ଦର୍ଶାଏ ଯେ ବ୍ୟବହାର ପାଇଁ ସୁରକ୍ଷିତ ଭାବରେ ବର୍ଗୀକୃତ ପ୍ରିଜରଭେଟିଭଗୁଡ଼ିକ ଅନ୍ତନଳୀ ମାଇକ୍ରୋବାୟୋଟାର ଗଠନ ଏବଂ ପରିବର୍ତ୍ତନରେ, ମାନବ ସ୍ୱାସ୍ଥ୍ୟକୁ ପ୍ରଭାବିତ କରିପାରେ।
ମାନବ ମାଇକ୍ରୋବାୟୋମକୁ ପ୍ରାୟତଃ "ଶରୀରର ଶେଷ ଅଙ୍ଗ" ଭାବରେ କୁହାଯାଏ ଏବଂ ଏହା ମାନବ ସ୍ୱାସ୍ଥ୍ୟରେ ଏକ ଗୁରୁତ୍ୱପୂର୍ଣ୍ଣ ଭୂମିକା ଗ୍ରହଣ କରେ (ବାକ୍ୱେରୋ ଏବଂ ନୋମ୍ବେଲା, 2012)। ବିଶେଷକରି, ଅନ୍ତନଳୀ ମାଇକ୍ରୋବାୟୋମ ଏହାର ସିଷ୍ଟମ-ବ୍ୟାପୀ ପ୍ରଭାବ ଏବଂ ଅନେକ ଗୁରୁତ୍ୱପୂର୍ଣ୍ଣ କାର୍ଯ୍ୟରେ ଭୂମିକା ପାଇଁ ସ୍ୱୀକୃତିପ୍ରାପ୍ତ। ଅନ୍ତନଳୀରେ କୋମେନସାଲ୍ ଜୀବାଣୁ ପ୍ରଚୁର ପରିମାଣରେ ଥାଏ, ବହୁବିଧ ପରିବେଶଗତ ସ୍ଥାନ ଅଧିକାର କରେ, ପୁଷ୍ଟିକର ପଦାର୍ଥ ବ୍ୟବହାର କରେ ଏବଂ ସମ୍ଭାବ୍ୟ ରୋଗଜୀବାଣୁ ସହିତ ପ୍ରତିଯୋଗିତା କରେ (ଜାଣ୍ଡ୍ୟାଲା ଏବଂ ଅନ୍ୟାନ୍ୟ, 2015)। ଅନ୍ତନଳୀ ମାଇକ୍ରୋବାୟୋଟର ବିଭିନ୍ନ ଜୀବାଣୁ ଉପାଦାନଗୁଡ଼ିକ ଭିଟାମିନ ଭଳି ଅତ୍ୟାବଶ୍ୟକ ପୁଷ୍ଟିକର ପଦାର୍ଥ ଉତ୍ପାଦନ କରିବାରେ ଏବଂ ହଜମକୁ ପ୍ରୋତ୍ସାହିତ କରିବାରେ ସକ୍ଷମ (ରୋଲ୍ୟାଣ୍ଡ ଏବଂ ଅନ୍ୟାନ୍ୟ, 2018)। ଜୀବାଣୁ ମେଟାବୋଲାଇଟ୍ସ ମଧ୍ୟ ଟିସୁ ବିକାଶକୁ ପ୍ରଭାବିତ କରିବା ଏବଂ ମେଟାବୋଲିକ୍ ଏବଂ ପ୍ରତିରକ୍ଷା ପଥକୁ ବୃଦ୍ଧି କରିବା ଦେଖାଯାଇଛି (ହେଇଜଟ୍ଜ ଏବଂ ଅନ୍ୟାନ୍ୟ, 2011; ୟୁ ଏବଂ ଅନ୍ୟାନ୍ୟ, 2022)। ମାନବ ଅନ୍ତନଳୀ ମାଇକ୍ରୋବାୟୋମର ଗଠନ ଅତ୍ୟନ୍ତ ବିବିଧ ଏବଂ ଖାଦ୍ୟ, ଲିଙ୍ଗ, ଔଷଧ ଏବଂ ସ୍ୱାସ୍ଥ୍ୟ ସ୍ଥିତି ଭଳି ଜେନେଟିକ୍ ଏବଂ ପରିବେଶଗତ କାରକ ଉପରେ ନିର୍ଭର କରେ (କୁମ୍ଭାରେ ଏବଂ ଅନ୍ୟାନ୍ୟ, 2019)।
ମାତୃ ଖାଦ୍ୟ ହେଉଛି ଭ୍ରୁଣ ଏବଂ ନବଜାତ ଶିଶୁର ବିକାଶର ଏକ ଗୁରୁତ୍ୱପୂର୍ଣ୍ଣ ଉପାଦାନ ଏବଂ ବିକାଶକୁ ପ୍ରଭାବିତ କରିପାରୁଥିବା ଯୌଗିକଗୁଡ଼ିକର ଏକ କଳ୍ପିତ ଉତ୍ସ (ବାଜର ଏଟ ଅଲ୍., 2004; ଇନସ୍, 2014)। ଏପରି ଏକ ଆକର୍ଷଣୀୟ ଯୌଗିକ ହେଉଛି ପ୍ରୋପିଓନିକ ଏସିଡ୍ (PPA), ଜୀବାଣୁ କିଣ୍ବନ ଏବଂ ଖାଦ୍ୟ ଯୋଗକାରୀ (ଡେନ୍ ବେଷ୍ଟେନ୍ ଏଟ ଅଲ୍., 2013) ରୁ ପ୍ରାପ୍ତ ଏକ କ୍ଷୁଦ୍ର-ଶୃଙ୍ଖଳ ଫ୍ୟାଟି ଏସିଡ୍ ଉପ-ଉତ୍ପାଦ। PPA ରେ ଆଣ୍ଟିବ୍ୟାକ୍ଟେରିଆଲ୍ ଏବଂ ଆଣ୍ଟିଫଙ୍ଗାଲ୍ ଗୁଣ ଅଛି ଏବଂ ତେଣୁ ଏହାକୁ ଖାଦ୍ୟ ସଂରକ୍ଷଣକାରୀ ଭାବରେ ଏବଂ ଛାଞ୍ଚ ଏବଂ ଜୀବାଣୁ ବୃଦ୍ଧିକୁ ରୋକିବା ପାଇଁ ଶିଳ୍ପ ପ୍ରୟୋଗରେ ବ୍ୟବହାର କରାଯାଏ (ୱେମେନହୋଭ୍ ଏଟ ଅଲ୍., 2016)। PPA ର ବିଭିନ୍ନ ଟିସୁରେ ଭିନ୍ନ ଭିନ୍ନ ପ୍ରଭାବ ଅଛି। ଯକୃତରେ, ମ୍ୟାକ୍ରୋଫେଜରେ ସାଇଟୋକାଇନ୍ ପ୍ରକାଶନକୁ ପ୍ରଭାବିତ କରି PPA ର ପ୍ରଦାହ-ବିରୋଧୀ ପ୍ରଭାବ ଅଛି (କାୱାସୋ ଏଟ ଅଲ୍., 2022)। ଏହି ନିୟାମକ ପ୍ରଭାବ ଅନ୍ୟ ପ୍ରତିରକ୍ଷା କୋଷଗୁଡ଼ିକରେ ମଧ୍ୟ ପରିଲକ୍ଷିତ ହୋଇଛି, ଯାହା ପ୍ରଦାହର ନିମ୍ନନିୟନ୍ତ୍ରଣକୁ ନେଇଥାଏ (ହାସେ ଏଟ ଅଲ୍., 2021)। ତଥାପି, ମସ୍ତିଷ୍କରେ ବିପରୀତ ପ୍ରଭାବ ପରିଲକ୍ଷିତ ହୋଇଛି। ପୂର୍ବ ଅଧ୍ୟୟନରୁ ଜଣାପଡିଛି ଯେ PPA ସଂସ୍ପର୍ଶ ମୂଷାଙ୍କଠାରେ ଅଟିଜିମ୍ ଭଳି ଆଚରଣକୁ ପ୍ରେରଣା ଦିଏ (El-Ansary et al., 2012)। ଅନ୍ୟ ଅଧ୍ୟୟନରୁ ଜଣାପଡିଛି ଯେ PPA ଗ୍ଲାଇଓସିସ୍ ପ୍ରେରିତ କରିପାରେ ଏବଂ ମସ୍ତିଷ୍କରେ ପ୍ରୋ-ଇନ୍ଫ୍ଲାମେଟରୀ ପଥକୁ ସକ୍ରିୟ କରିପାରେ (Abdelli et al., 2019)। କାରଣ PPA ଏକ ଦୁର୍ବଳ ଏସିଡ୍, ଏହା ଅନ୍ତନଳୀର ଏପିଥେଲିୟମ୍ ମାଧ୍ୟମରେ ରକ୍ତପ୍ରବାହରେ ବିସ୍ତାରିତ ହୋଇପାରେ ଏବଂ ଏହିପରି ରକ୍ତ-ମସ୍ତିଷ୍କ ବାଧା ଏବଂ ପ୍ଲାସେଣ୍ଟା (Stinson et al., 2019) ସମେତ ପ୍ରତିବନ୍ଧକ ବାଧାକୁ ପାର କରିପାରେ, ଯାହା ଜୀବାଣୁ ଦ୍ୱାରା ଉତ୍ପାଦିତ ଏକ ନିୟାମକ ମେଟାବୋଲାଇଟ୍ ଭାବରେ PPA ର ଗୁରୁତ୍ୱକୁ ଉଲ୍ଲେଖ କରିଥାଏ। ଯଦିଓ ଅଟିଜିମ୍ ପାଇଁ ଏକ ବିପଦ କାରକ ଭାବରେ PPA ର ସମ୍ଭାବ୍ୟ ଭୂମିକା ବର୍ତ୍ତମାନ ତଦନ୍ତାଧୀନ ଅଛି, ଅଟିଜିମ୍ ଥିବା ବ୍ୟକ୍ତିବିଶେଷଙ୍କ ଉପରେ ଏହାର ପ୍ରଭାବ ସ୍ନାୟୁଗତ ବିଭେଦକୁ ପ୍ରେରଣା ଦେବାଠାରୁ ଅଧିକ ହୋଇପାରେ।
ନ୍ୟୁରୋଡେଭଲପମେଣ୍ଟାଲ୍ ଡିସଅର୍ଡର ଥିବା ରୋଗୀଙ୍କ ମଧ୍ୟରେ ଡାଇରିଆ ଏବଂ କୋଷ୍ଠକାଠିନ୍ୟ ଭଳି ପାକସ୍ଥଳୀ ଲକ୍ଷଣ ସାଧାରଣ (କାଓ ଏଟ୍ ଅଲ୍, 2021)। ପୂର୍ବ ଅଧ୍ୟୟନରୁ ଜଣାପଡିଛି ଯେ ଅଟିଜିମ୍ ସ୍ପେକ୍ଟ୍ରମ୍ ଡିସଅର୍ଡର (ASD) ଥିବା ରୋଗୀଙ୍କ ମାଇକ୍ରୋବାୟୋମ୍ ସୁସ୍ଥ ବ୍ୟକ୍ତିଙ୍କଠାରୁ ଭିନ୍ନ, ଯାହା ଅନ୍ତନଳୀ ମାଇକ୍ରୋବାୟୋଟା ଡିସବାୟୋସିସ୍ (ଫାଇନଗୋଲ୍ଡ ଏଟ୍ ଅଲ୍, 2010) ର ଉପସ୍ଥିତି ସୂଚାଇଥାଏ। ସେହିପରି, ପ୍ରଦାହଜନକ ଅନ୍ତନଳୀ ରୋଗ, ସ୍ଥୂଳତା, ଆଲଜାଇମର ରୋଗ, ଇତ୍ୟାଦି ରୋଗୀଙ୍କ ମାଇକ୍ରୋବାୟୋମ୍ ବୈଶିଷ୍ଟ୍ୟ ମଧ୍ୟ ସୁସ୍ଥ ବ୍ୟକ୍ତିଙ୍କଠାରୁ ଭିନ୍ନ (ଟର୍ନବାଗ୍ ଏଟ୍ ଅଲ୍, 2009; ଭୋଗ୍ଟ ଏଟ୍ ଅଲ୍, 2017; ହେଙ୍କେ ଏଟ୍ ଅଲ୍, 2019)। ତଥାପି, ଆଜି ପର୍ଯ୍ୟନ୍ତ ଅନ୍ତନଳୀ ମାଇକ୍ରୋବାୟୋମ୍ ଏବଂ ସ୍ନାୟୁ ରୋଗ କିମ୍ବା ଲକ୍ଷଣ ମଧ୍ୟରେ କୌଣସି କାରଣ ସମ୍ପର୍କ ସ୍ଥାପିତ ହୋଇନାହିଁ (ୟାପ୍ ଏଟ୍ ଅଲ୍, 2021), ଯଦିଓ ଅନେକ ଜୀବାଣୁ ପ୍ରଜାତି ଏହି ରୋଗ ଅବସ୍ଥା ମଧ୍ୟରୁ କିଛିରେ ଭୂମିକା ଗ୍ରହଣ କରନ୍ତି ବୋଲି ମନେ କରାଯାଏ। ଉଦାହରଣ ସ୍ୱରୂପ, ଅଟିଜିମ୍ ରୋଗୀଙ୍କ ମାଇକ୍ରୋବାୟୋଟାରେ ଆକରମାନ୍ସିଆ, ବ୍ୟାକ୍ଟେରୋଏଡ୍ସ, କ୍ଲୋଷ୍ଟ୍ରିଡିୟମ୍, ଲାକ୍ଟୋବାସିଲସ୍, ଡେସଲଫୋଭିବ୍ରିଓ ଏବଂ ଅନ୍ୟାନ୍ୟ ଜେନେରା ଅଧିକ ପ୍ରଚୁର ପରିମାଣରେ ଥାଏ (ଟୋମୋଭା ଏଟ୍ ଅଲ୍., 2015; ଗୋଲୁବେଭା ଏଟ୍ ଅଲ୍., 2017; କ୍ରିଷ୍ଟିଆନୋ ଏଟ୍ ଅଲ୍., 2018; ଜୁରିଟା ଏଟ୍ ଅଲ୍., 2020)। ଉଲ୍ଲେଖନୀୟ ଯେ, ଏହି ଜେନେରାର କିଛି ସଦସ୍ୟ ପ୍ରଜାତି PPA ଉତ୍ପାଦନ ସହିତ ଜଡିତ ଜିନ୍ ଧାରଣ କରନ୍ତି ବୋଲି ଜଣାଯାଏ (ରିଚାର୍ଡଟ୍ ଏଟ୍ ଅଲ୍., 2014; ୟୁନ୍ ଏବଂ ଲି, 2016; ଝାଙ୍ଗ ଏଟ୍ ଅଲ୍., 2019; ବାଉର ଏବଂ ଡୁରେ, 2023)। PPA ର ଆଣ୍ଟିମାଇକ୍ରୋବାୟଲ୍ ଗୁଣକୁ ଦୃଷ୍ଟିରେ ରଖି, ଏହାର ପ୍ରଚୁରତା ବୃଦ୍ଧି କରିବା PPA-ଉତ୍ପାଦକ ଜୀବାଣୁର ବୃଦ୍ଧି ପାଇଁ ଲାଭଦାୟକ ହୋଇପାରେ (ଜ୍ୟାକବସନ୍ ଏଟ୍ ଅଲ୍., 2018)। ତେଣୁ, ଏକ PFA-ସମୃଦ୍ଧ ପରିବେଶ ପେଟ ମାଇକ୍ରୋବାୟୋଟାରେ ପରିବର୍ତ୍ତନ ଆଣିପାରେ, ଯାହା ପାକସ୍ଥଳୀ ଲକ୍ଷଣ ପାଇଁ ସମ୍ଭାବ୍ୟ କାରଣ ହୋଇପାରେ।
ମାଇକ୍ରୋବାୟୋମ୍ ଗବେଷଣାରେ ଏକ କେନ୍ଦ୍ରୀୟ ପ୍ରଶ୍ନ ହେଉଛି ଯେ ମାଇକ୍ରୋବାୟମ୍ ଗଠନରେ ପାର୍ଥକ୍ୟ ଅନ୍ତର୍ନିହିତ ରୋଗର କାରଣ କିମ୍ବା ଲକ୍ଷଣ। ଖାଦ୍ୟ, ଅନ୍ତନଳୀ ମାଇକ୍ରୋବାୟୋମ୍ ଏବଂ ସ୍ନାୟୁ ରୋଗ ମଧ୍ୟରେ ଜଟିଳ ସମ୍ପର୍କକୁ ସ୍ପଷ୍ଟ କରିବା ପାଇଁ ପ୍ରଥମ ପଦକ୍ଷେପ ହେଉଛି ଖାଦ୍ୟର ମାଇକ୍ରୋବାୟମ୍ ଗଠନ ଉପରେ ପ୍ରଭାବ ମୂଲ୍ୟାଙ୍କନ କରିବା। ଏଥିପାଇଁ, ଆମେ PPA-ସମୃଦ୍ଧ କିମ୍ବା PPA-କ୍ଷୟିତ ଖାଦ୍ୟ ଖାଉଥିବା ମୂଷାଙ୍କ ସନ୍ତାନମାନଙ୍କ ଅନ୍ତନଳୀ ମାଇକ୍ରୋବାୟୋମ୍ ତୁଳନା କରିବା ପାଇଁ ଦୀର୍ଘ-ପଠିତ ମେଟାଜେନୋମିକ୍ କ୍ରମ ବ୍ୟବହାର କରିଥିଲୁ। ସନ୍ତାନମାନଙ୍କୁ ସେମାନଙ୍କ ମା'ମାନଙ୍କ ପରି ସମାନ ଖାଦ୍ୟ ଦିଆଯାଇଥିଲା। ଆମେ ଅନୁମାନ କରିଥିଲୁ ଯେ PPA-ସମୃଦ୍ଧ ଖାଦ୍ୟ ଅନ୍ତନଳୀ ମାଇକ୍ରୋବାୟମ୍ ଗଠନ ଏବଂ ମାଇକ୍ରୋବାୟମ୍ କାର୍ଯ୍ୟକ୍ଷମ ପଥଗୁଡ଼ିକରେ ପରିବର୍ତ୍ତନ ଆଣିବ, ବିଶେଷକରି PPA ମେଟାବୋଲିଜିମ୍ ଏବଂ/କିମ୍ବା PPA ଉତ୍ପାଦନ ସହିତ ଜଡିତ।
ଏହି ଅଧ୍ୟୟନରେ FVB/N-Tg(GFAP-GFP)14Mes/J ଟ୍ରାନ୍ସଜେନିକ୍ ମାଉସ (ଜ୍ୟାକସନ ଲାବୋରେଟୋରିଜ୍) ବ୍ୟବହାର କରାଯାଇଥିଲା ଯାହା କେନ୍ଦ୍ରୀୟ ଫ୍ଲୋରିଡା ବିଶ୍ୱବିଦ୍ୟାଳୟର ଇନଷ୍ଟିଚ୍ୟୁସନାଲ୍ ଆନିମଲ୍ କେୟାର ଆଣ୍ଡ୍ ୟୁଜ୍ କମିଟି (UCF-IACUC) (ପଶୁ ବ୍ୟବହାର ଅନୁମତି ନମ୍ବର: PROTO202000002) ନିର୍ଦ୍ଦେଶାବଳୀ ଅନୁସରଣ କରି ଗ୍ଲିଆ-ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟ GFAP ପ୍ରମୋଟରଙ୍କ ନିୟନ୍ତ୍ରଣରେ ସବୁଜ ଫ୍ଲୋରୋସେଣ୍ଟ ପ୍ରୋଟିନ୍ (GFP)କୁ ଅଧିକ ପ୍ରକାଶ କରିଥିଲା। ସ୍ତନ୍ୟପାନ ଛଡ଼ାଇବା ପରେ, ମୂଷାମାନଙ୍କୁ ପ୍ରତି ପିଞ୍ଜରାରେ ପ୍ରତ୍ୟେକ ଲିଙ୍ଗର 1-5 ମୂଷା ସହିତ ପୃଥକ ଭାବରେ ପିଞ୍ଜରାରେ ରଖାଯାଇଥିଲା। ମୂଷାମାନଙ୍କୁ ଏକ ପ୍ୟୁରିଫାଇଡ୍ ନିୟନ୍ତ୍ରଣ ଖାଦ୍ୟ (ପରିବର୍ତ୍ତିତ ଖୋଲା-ଲେବଲ୍ ମାନକ ଖାଦ୍ୟ, 16 kcal% ଚର୍ବି) କିମ୍ବା ଏକ ସୋଡିୟମ୍ ପ୍ରୋପିଓନେଟ୍-ପରିବର୍ତ୍ତିତ ଖାଦ୍ୟ (ପରିବର୍ତ୍ତିତ ଖୋଲା-ଲେବଲ୍ ମାନକ ଖାଦ୍ୟ, 16 kcal% ଚର୍ବି, 5,000 ppm ସୋଡିୟମ୍ ପ୍ରୋପିଓନେଟ୍ ଧାରଣ କରି) ଆଡ ଲିବିଟମ୍ ଖୁଆଇ ଦିଆଯାଇଥିଲା। ବ୍ୟବହୃତ ସୋଡିୟମ୍ ପ୍ରୋପିଓନେଟ୍ ପରିମାଣ 5,000 mg PFA/kg ମୋଟ ଖାଦ୍ୟ ଓଜନ ସହିତ ସମାନ ଥିଲା। ଏହା ଖାଦ୍ୟ ସଂରକ୍ଷଣକାରୀ ଭାବରେ ବ୍ୟବହାର ପାଇଁ ଅନୁମୋଦିତ PPAର ସର୍ବାଧିକ ସାନ୍ଦ୍ରତା। ଏହି ଅଧ୍ୟୟନ ପାଇଁ ପ୍ରସ୍ତୁତ ହେବା ପାଇଁ, ପିତାମାତା ମୂଷାମାନଙ୍କୁ ମିଳନର 4 ସପ୍ତାହ ପୂର୍ବରୁ ଉଭୟ ଖାଦ୍ୟ ଖାଇବାକୁ ଦିଆଯାଇଥିଲା ଏବଂ ମାତୃଭାଷାର ଗର୍ଭାବସ୍ଥାରେ ଜାରି ରଖାଯାଇଥିଲା। ସନ୍ତାନସନ୍ତତି ମୂଷା [22 ମୂଷା, 9 ନିୟନ୍ତ୍ରଣ (6 ପୁରୁଷ, 3 ମାଈ) ଏବଂ 13 PPA (4 ପୁରୁଷ, 9 ମାଈ)] କୁ କ୍ଷୀର ଛଡ଼ାଇ ଦିଆଯାଇଥିଲା ଏବଂ ତାପରେ 5 ମାସ ପାଇଁ ମାତୃଭାଷା ପରି ସମାନ ଖାଦ୍ୟରେ ଜାରି ରଖାଯାଇଥିଲା। 5 ମାସ ବୟସରେ ସନ୍ତାନସନ୍ତତି ମୂଷାମାନଙ୍କୁ ବଳି ଦିଆଯାଇଥିଲା ଏବଂ ସେମାନଙ୍କର ଅନ୍ତନଳୀ ମଳ ସଂଗ୍ରହ କରାଯାଇଥିଲା ଏବଂ ପ୍ରାରମ୍ଭରେ -20°C ତାପମାତ୍ରାରେ 1.5 ମିଲି ମାଇକ୍ରୋସେଣ୍ଟ୍ରିଫ୍ୟୁଜ୍ ଟ୍ୟୁବରେ ସଂରକ୍ଷଣ କରାଯାଇଥିଲା ଏବଂ ତାପରେ ହୋଷ୍ଟ DNA ସମାପ୍ତ ନହେବା ପର୍ଯ୍ୟନ୍ତ ଏବଂ ମାଇକ୍ରୋବାୟଲ୍ ନ୍ୟୁକ୍ଲିକ୍ ଏସିଡ୍ ବାହାର ନହେବା ପର୍ଯ୍ୟନ୍ତ -80°C ଫ୍ରିଜରକୁ ସ୍ଥାନାନ୍ତରିତ କରାଯାଇଥିଲା।
ଏକ ପରିବର୍ତ୍ତିତ ପ୍ରୋଟୋକଲ୍ (Charalampous et al., 2019) ଅନୁଯାୟୀ ହୋଷ୍ଟ DNA କୁ ବାହାର କରାଯାଇଥିଲା। ସଂକ୍ଷେପରେ, ମଳ ସାମଗ୍ରୀକୁ 500 μl ଇନହିବିଟ୍EX (Qiagen, Cat#/ID: 19593) କୁ ସ୍ଥାନାନ୍ତରିତ କରାଯାଇଥିଲା ଏବଂ ଫ୍ରିଜରେ ସଂରକ୍ଷଣ କରାଯାଇଥିଲା। ପ୍ରତି ନିଷ୍କାସନ ପାଇଁ ସର୍ବାଧିକ 1-2 ମଳ ଗୋଳା ପ୍ରକ୍ରିୟାକରଣ କରାଯାଇଥିଲା। ତା'ପରେ ମଳ ସାମଗ୍ରୀକୁ ଟ୍ୟୁବ୍ ଭିତରେ ଏକ ପ୍ଲାଷ୍ଟିକ୍ ପେଷ୍ଟଲ୍ ବ୍ୟବହାର କରି ଯାନ୍ତ୍ରିକ ଭାବରେ ଏକ ସ୍ଲରି ତିଆରି କରାଯାଇଥିଲା। ନମୁନାଗୁଡ଼ିକୁ 5 ମିନିଟ୍ ପାଇଁ କିମ୍ବା ନମୁନାଗୁଡ଼ିକ ପେଲେଟ୍ ହେବା ପର୍ଯ୍ୟନ୍ତ 10,000 RCF ରେ କେନ୍ଦ୍ରୀଭୂତ କରନ୍ତୁ, ତା'ପରେ ସୁପରନାଟାଣ୍ଟକୁ ଆସ୍ପିରେଟ୍ କରନ୍ତୁ ଏବଂ 250 μl 1× PBS ରେ ପେଲେଟ୍ କୁ ପୁନଃସ୍ଥାପିତ କରନ୍ତୁ। ୟୁକାରିଓଟିକ୍ କୋଷ ଝିଲ୍ଲୀଗୁଡ଼ିକୁ ଢିଲା କରିବା ପାଇଁ ଡିଟରଜେଣ୍ଟ ଭାବରେ ନମୁନାରେ 250 μl 4.4% ସାପୋନିନ୍ ଦ୍ରବଣ (TCI, ଉତ୍ପାଦ ସଂଖ୍ୟା S0019) ଯୋଡନ୍ତୁ। ନମୁନାଗୁଡ଼ିକୁ ମସୃଣ ହେବା ପର୍ଯ୍ୟନ୍ତ ଧୀରେ ଧୀରେ ମିଶ୍ରିତ କରାଯାଇଥିଲା ଏବଂ 10 ମିନିଟ୍ ପାଇଁ କୋଠରୀ ତାପମାତ୍ରାରେ ଇନକ୍ୟୁବେଟେଡ୍ କରାଯାଇଥିଲା। ପରବର୍ତ୍ତୀ ସମୟରେ, ୟୁକାରିଓଟିକ୍ କୋଷଗୁଡ଼ିକୁ ବିପର୍ଯ୍ୟସ୍ତ କରିବା ପାଇଁ, ନମୁନାରେ 350 μl ନ୍ୟୁକ୍ଲିଏଜ୍-ମୁକ୍ତ ଜଳ ଯୋଡାଗଲା, 30 ସେକେଣ୍ଡ ପାଇଁ ଇନକ୍ୟୁବେଟେଡ୍ କରାଗଲା, ଏବଂ ତାପରେ 12 μl 5 M NaCl ଯୋଡାଗଲା। ତାପରେ ନମୁନାଗୁଡ଼ିକୁ 5 ମିନିଟ୍ ପାଇଁ 6000 RCF ରେ ସେଣ୍ଟ୍ରିଫ୍ୟୁଜ୍ କରାଗଲା। ସୁପରନାଟାଣ୍ଟକୁ ଆସ୍ପିରେଟ୍ କରନ୍ତୁ ଏବଂ 100 μl 1X PBS ରେ ପେଲେଟ୍ ପୁନଃସ୍ଥାପିତ କରନ୍ତୁ। ହୋଷ୍ଟ DNA ଅପସାରଣ କରିବା ପାଇଁ, 100 μl HL-SAN ବଫର (12.8568 g NaCl, 4 ml 1M MgCl2, 36 ml ନ୍ୟୁକ୍ଲିଏଜ୍-ମୁକ୍ତ ଜଳ) ଏବଂ 10 μl HL-SAN ଏନଜାଇମ୍ (ArticZymes P/N 70910-202) ଯୋଡାନ୍ତୁ। ନମୁନାଗୁଡ଼ିକୁ ପାଇପେଟିଂ ଦ୍ୱାରା ଭଲ ଭାବରେ ମିଶ୍ରିତ କରାଯାଇଥିଲା ଏବଂ ଏକ Eppendorf™ ThermoMixer C ରେ 800 rpm ରେ 30 ମିନିଟ୍ ପାଇଁ 37 °C ରେ ଇନକ୍ୟୁବେଟେଡ୍ କରାଯାଇଥିଲା। ଇନକ୍ୟୁବେଟେଡ୍ ପରେ, 3 ମିନିଟ୍ ପାଇଁ 6000 RCF ରେ ସେଣ୍ଟ୍ରିଫ୍ୟୁଗ୍ କରାଯାଇଥିଲା ଏବଂ 800 µl ଏବଂ 1000 µl 1X PBS ସହିତ ଦୁଇଥର ଧୋଇ ଦିଆଯାଇଥିଲା। ଶେଷରେ, 100 µl 1X PBS ରେ ପେଲେଟ୍ ପୁନଃସ୍ଥାପିତ କରାଯାଇଥିଲା।
ନ୍ୟୁ ଇଂଲଣ୍ଡ ବାୟୋଲାବ୍ସ ମୋନାର୍କ ଜେନୋମିକ୍ ଡିଏନଏ ପ୍ୟୁରିଫିକେସନ୍ କିଟ୍ (ନ୍ୟୁ ଇଂଲଣ୍ଡ ବାୟୋଲାବ୍ସ, ଇପ୍ସୱିଚ୍, ଏମଏ, କ୍ୟାଟ୍# T3010L) ବ୍ୟବହାର କରି ମୋଟ ଜୀବାଣୁ ଡିଏନଏକୁ ପୃଥକ କରାଯାଇଥିଲା। କିଟ୍ ସହିତ ପ୍ରଦାନ କରାଯାଇଥିବା ମାନକ କାର୍ଯ୍ୟ ପ୍ରଣାଳୀ ସାମାନ୍ୟ ପରିବର୍ତ୍ତନ କରାଯାଇଛି। ଅନ୍ତିମ ନିର୍ଗମନ ପାଇଁ କାର୍ଯ୍ୟ କରିବା ପୂର୍ବରୁ 60°C ରେ ନ୍ୟୁକ୍ଲିଏଜ୍-ମୁକ୍ତ ପାଣିକୁ ଇନକ୍ୟୁବେଟ୍ କରନ୍ତୁ ଏବଂ ବଜାୟ ରଖନ୍ତୁ। ପ୍ରତ୍ୟେକ ନମୁନାରେ 10 µl ପ୍ରୋଟିନେଜ୍ K ଏବଂ 3 µl RNase A ଯୋଡନ୍ତୁ। ତାପରେ 100 µl ସେଲ୍ ଲାଇସିସ୍ ବଫର ଯୋଡନ୍ତୁ ଏବଂ ଧୀରେ ଧୀରେ ମିଶାନ୍ତୁ। ତାପରେ ନମୁନାଗୁଡ଼ିକୁ ଏକ Eppendorf™ ThermoMixer C ରେ 56°C ଏବଂ 1400 rpm ରେ ଅତି କମରେ 1 ଘଣ୍ଟା ଏବଂ 3 ଘଣ୍ଟା ପର୍ଯ୍ୟନ୍ତ ଇନକ୍ୟୁବେଟ୍ କରାଯାଇଥିଲା। ଇନକ୍ୟୁବେଟେଡ୍ ନମୁନାଗୁଡ଼ିକୁ 12,000 RCF ରେ 3 ​​ମିନିଟ୍ ପାଇଁ ସେଣ୍ଟ୍ରିଫ୍ୟୁଜ୍ କରାଯାଇଥିଲା ଏବଂ ପ୍ରତ୍ୟେକ ନମୁନାରୁ ସୁପରନାଟାଣ୍ଟକୁ 400 µL ବାଇଣ୍ଡିଂ ଦ୍ରବଣ ଥିବା ଏକ ପୃଥକ 1.5 mL ମାଇକ୍ରୋସେଣ୍ଟ୍ରିଫ୍ୟୁଜ୍ ଟ୍ୟୁବକୁ ସ୍ଥାନାନ୍ତରିତ କରାଯାଇଥିଲା। ତା’ପରେ ଟ୍ୟୁବଗୁଡ଼ିକୁ 1 ସେକେଣ୍ଡ ବ୍ୟବଧାନରେ 5-10 ସେକେଣ୍ଡ ପାଇଁ ପଲ୍ସ ଭର୍ଟେକ୍ସ କରାଯାଇଥିଲା। ପ୍ରତ୍ୟେକ ନମୁନାର ସମ୍ପୂର୍ଣ୍ଣ ତରଳ ପଦାର୍ଥ (ପ୍ରାୟ 600-700 μL) ଏକ ପ୍ରବାହ-ସଂଗ୍ରହ ଟ୍ୟୁବରେ ରଖାଯାଇଥିବା ଏକ ଫିଲ୍ଟର କାର୍ଟ୍ରିଜକୁ ସ୍ଥାନାନ୍ତର କରନ୍ତୁ। ପ୍ରାରମ୍ଭିକ DNA ବନ୍ଧନକୁ ଅନୁମତି ଦେବା ପାଇଁ ଟ୍ୟୁବଗୁଡ଼ିକୁ 3 ମିନିଟ୍ ପାଇଁ 1,000 RCF ରେ ସେଣ୍ଟ୍ରିଫ୍ୟୁଜ୍ କରାଯାଇଥିଲା ଏବଂ ତା’ପରେ ଅବଶିଷ୍ଟ ତରଳ ପଦାର୍ଥ ବାହାର କରିବା ପାଇଁ 1 ମିନିଟ୍ ପାଇଁ 12,000 RCF ରେ ସେଣ୍ଟ୍ରିଫ୍ୟୁଜ୍ କରାଯାଇଥିଲା। ନମୁନା ସ୍ତମ୍ଭକୁ ଏକ ନୂତନ ସଂଗ୍ରହ ଟ୍ୟୁବକୁ ସ୍ଥାନାନ୍ତର କରାଯାଇଥିଲା ଏବଂ ତା’ପରେ ଦୁଇଥର ଧୋଇ ଦିଆଯାଇଥିଲା। ପ୍ରଥମ ଧୋଇ ପାଇଁ, ପ୍ରତ୍ୟେକ ଟ୍ୟୁବରେ 500 μL ୱାଶ୍ ବଫର ଯୋଡନ୍ତୁ। ଟ୍ୟୁବକୁ 3-5 ଥର ଓଲଟାଇ ଦିଅନ୍ତୁ ଏବଂ ତା’ପରେ 1 ମିନିଟ୍ ପାଇଁ 12,000 RCF ରେ ସେଣ୍ଟ୍ରିଫ୍ୟୁଜ୍ କରନ୍ତୁ। ସଂଗ୍ରହ ଟ୍ୟୁବରୁ ତରଳ ପଦାର୍ଥକୁ ତ୍ୟାଗ କରନ୍ତୁ ଏବଂ ଫିଲ୍ଟର କାର୍ଟ୍ରିଜକୁ ପୁନର୍ବାର ସମାନ ସଂଗ୍ରହ ଟ୍ୟୁବରେ ରଖନ୍ତୁ। ଦ୍ୱିତୀୟ ଧୋଇ ପାଇଁ, ଓଲଟାଇ ନ ଦେଇ ଫିଲ୍ଟରରେ 500 μL ୱାଶ୍ ବଫର ଯୋଡନ୍ତୁ। ନମୁନାଗୁଡ଼ିକୁ 1 ମିନିଟ୍ ପାଇଁ 12,000 RCF ରେ ସେଣ୍ଟ୍ରିଫ୍ୟୁଜ୍ କରାଯାଇଥିଲା। ଫିଲ୍ଟରକୁ 1.5 mL LoBind® ଟ୍ୟୁବକୁ ସ୍ଥାନାନ୍ତର କରନ୍ତୁ ଏବଂ 100 µL ପୂର୍ବରୁ ଗରମ ହୋଇଥିବା ନ୍ୟୁକ୍ଲିଏଜ୍-ମୁକ୍ତ ପାଣି ମିଶାନ୍ତୁ। ଫିଲ୍ଟରଗୁଡ଼ିକୁ 1 ମିନିଟ୍ ପାଇଁ କୋଠରୀ ତାପମାତ୍ରାରେ ଇନକ୍ୟୁବେଟେଡ୍ କରାଯାଇଥିଲା ଏବଂ ତା’ପରେ 1 ମିନିଟ୍ ପାଇଁ 12,000 RCF ରେ ସେଣ୍ଟ୍ରିଫ୍ୟୁଗ୍ କରାଯାଇଥିଲା। ଏଲୁଟେଡ୍ DNA -80°C ରେ ସଂରକ୍ଷଣ କରାଯାଇଥିଲା।
ଏକ Qubit™ 4.0 ଫ୍ଲୋରୋମିଟର ବ୍ୟବହାର କରି DNA ସାନ୍ଦ୍ରତା ପରିମାଣ କରାଯାଇଥିଲା। ନିର୍ମାତାଙ୍କ ନିର୍ଦ୍ଦେଶ ଅନୁଯାୟୀ Qubit™ 1X dsDNA ଉଚ୍ଚ ସମ୍ବେଦନଶୀଳତା କିଟ୍ (Cat. No. Q33231) ବ୍ୟବହାର କରି DNA ପ୍ରସ୍ତୁତ କରାଯାଇଥିଲା। Aglient™ 4150 କିମ୍ବା 4200 TapeStation ବ୍ୟବହାର କରି DNA ଖଣ୍ଡ ଲମ୍ବ ବଣ୍ଟନ ମାପ କରାଯାଇଥିଲା। Agilent™ ଜେନୋମିକ୍ DNA Reagents (Cat. No. 5067-5366) ଏବଂ ଜେନୋମିକ୍ DNA ScreenTape (Cat. No. 5067-5365) ବ୍ୟବହାର କରି DNA ପ୍ରସ୍ତୁତ କରାଯାଇଥିଲା। ନିର୍ମାତାଙ୍କ ନିର୍ଦ୍ଦେଶ ଅନୁଯାୟୀ Oxford Nanopore Technologies™ (ONT) Rapid PCR Barcoding Kit (SQK-RPB004) ବ୍ୟବହାର କରି ଲାଇବ୍ରେରୀ ପ୍ରସ୍ତୁତି କରାଯାଇଥିଲା। Min106D ପ୍ରବାହ ସେଲ୍ (R 9.4.1) ସହିତ ଏକ ONT GridiON™ Mk1 ସିକୋନ୍ସର ବ୍ୟବହାର କରି DNA ସିକୋନ୍ସ କରାଯାଇଥିଲା। ସିକୋନ୍ସିଂ ସେଟିଂଗୁଡ଼ିକ ଥିଲା: ଉଚ୍ଚ ସଠିକତା ବେସ୍ କଲିଂ, ସର୍ବନିମ୍ନ q ମୂଲ୍ୟ 9, ବାରକୋଡ୍ ସେଟ୍ଅପ୍ ଏବଂ ବାରକୋଡ୍ ଟ୍ରିମ୍। ନମୁନାଗୁଡ଼ିକୁ 72 ଘଣ୍ଟା ପାଇଁ କ୍ରମବଦ୍ଧ କରାଯାଇଥିଲା, ତା’ପରେ ପରବର୍ତ୍ତୀ ପ୍ରକ୍ରିୟାକରଣ ଏବଂ ବିଶ୍ଳେଷଣ ପାଇଁ ଆଧାର କଲ୍ ଡାଟା ଦାଖଲ କରାଯାଇଥିଲା।
ପୂର୍ବରୁ ବର୍ଣ୍ଣିତ ପଦ୍ଧତିଗୁଡ଼ିକ ବ୍ୟବହାର କରି ବାୟୋଇନଫର୍ମେଟିକ୍ସ ପ୍ରକ୍ରିୟାକରଣ କରାଯାଇଥିଲା (ଗ୍ରୀନମ୍ୟାନ୍ ଏଟ୍ ଅଲ୍., 2024)। କ୍ରମିକତାରୁ ପ୍ରାପ୍ତ FASTQ ଫାଇଲଗୁଡ଼ିକୁ ପ୍ରତ୍ୟେକ ନମୁନା ପାଇଁ ଡାଇରେକ୍ଟୋରୀରେ ବିଭକ୍ତ କରାଯାଇଥିଲା। ବାୟୋଇନଫର୍ମେଟିକ୍ସ ବିଶ୍ଳେଷଣ ପୂର୍ବରୁ, ନିମ୍ନଲିଖିତ ପାଇପଲାଇନ ବ୍ୟବହାର କରି ତଥ୍ୟ ପ୍ରକ୍ରିୟାକରଣ କରାଯାଇଥିଲା: ପ୍ରଥମେ, ନମୁନାଗୁଡ଼ିକର FASTQ ଫାଇଲଗୁଡ଼ିକୁ ଏକ FASTQ ଫାଇଲରେ ମିଶ୍ରଣ କରାଯାଇଥିଲା। ତା'ପରେ, 1000 bp ରୁ କମ୍ ପଠନଗୁଡ଼ିକୁ Filtlong v. 0.2.1 ବ୍ୟବହାର କରି ଫିଲ୍ଟର କରାଯାଇଥିଲା, କେବଳ ପାରାମିଟର ପରିବର୍ତ୍ତିତ ହୋଇଥିଲା -min_length 1000 (Wick, 2024)। ଆହୁରି ଫିଲ୍ଟରିଂ ପୂର୍ବରୁ, ନିମ୍ନଲିଖିତ ପାରାମିଟରଗୁଡ଼ିକ ସହିତ NanoPlot v. 1.41.3 ବ୍ୟବହାର କରି ପଠନ ଗୁଣବତ୍ତା ନିୟନ୍ତ୍ରଣ କରାଯାଇଥିଲା: –fastq –plots dot –N50 -o(ଡି କୋଷ୍ଟର ଏବଂ ରାଡେମେକର୍ସ, 2023)। ନିମ୍ନଲିଖିତ ପାରାମିଟରଗୁଡ଼ିକ ସହିତ ହୋଷ୍ଟ-ଦୂଷିତ ପଠନଗୁଡ଼ିକୁ ଅପସାରଣ କରିବା ପାଇଁ ମିନିମ୍ୟାପ2 v. 2.24-r1122 ବ୍ୟବହାର କରି ପଠନଗୁଡ଼ିକୁ ମାଉସ ରେଫରେନ୍ସ ଜିନୋମ୍ GRCm39 (GCF_000001635.27) ସହିତ ସଂଯୁକ୍ତ କରାଯାଇଥିଲା: -L -ax map-ont(ଲି, 2018)। samtools v. 1.16.1 ରେ samtools view -b (Danecek et al., 2021) ବ୍ୟବହାର କରି ଜେନେରେଟେଡ୍ ଆଲାଇନ୍ମେଣ୍ଟ ଫାଇଲଗୁଡ଼ିକୁ BAM ଫର୍ମାଟରେ ରୂପାନ୍ତରିତ କରାଯାଇଥିଲା। ତା'ପରେ samtools view -b -f 4 ବ୍ୟବହାର କରି ଅସାଲାଇନ୍ ହୋଇଥିବା ପଠନଗୁଡ଼ିକୁ ଚିହ୍ନଟ କରାଯାଇଥିଲା, ଯାହା ସୂଚାଇଥିଲା ଯେ ଏହି ପଠନଗୁଡ଼ିକ ହୋଷ୍ଟ ଜିନୋମର ନୁହେଁ। ଡିଫଲ୍ଟ ପାରାମିଟର ସହିତ samtools bam2fq ବ୍ୟବହାର କରି ଅସାଲାଇନ୍ ହୋଇଥିବା ପଠନଗୁଡ଼ିକୁ FASTQ ଫର୍ମାଟରେ ରୂପାନ୍ତରିତ କରାଯାଇଥିଲା। ପୂର୍ବ ବର୍ଣ୍ଣିତ ସେଟିଂସ୍ ବ୍ୟବହାର କରି ପରବର୍ତ୍ତୀ ଫିଲ୍ଟର ହୋଇଥିବା ପଠନରେ NanoPlot ପୁନଃଚାଳନ କରାଯାଇଥିଲା। ଫିଲ୍ଟରିଂ ପରେ, ନିମ୍ନଲିଖିତ ପାରାମିଟର ସହିତ ମେଟାଫ୍ଲାଇ v. 2.8.2-b1689 ବ୍ୟବହାର କରି ମେଟାଜେନୋମିକ୍ ଡାଟା ଏକତ୍ରିତ କରାଯାଇଥିଲା: –nano-raw–meta (Kolmogorov et al., 2020)। ବାକି ପାରାମିଟରଗୁଡ଼ିକୁ ସେମାନଙ୍କର ଡିଫଲ୍ଟ ମୂଲ୍ୟରେ ଛାଡିଦିଅନ୍ତୁ। ଆସେମ୍ବଲି ପରେ, ଫିଲ୍ଟରଡ୍ ରିଡ୍ minimap2 ବ୍ୟବହାର କରି ଆସେମ୍ବଲିରେ ମ୍ୟାପ୍ କରାଯାଇଥିଲା, ଏବଂ SAM ଫର୍ମାଟରେ ଏକ ଆଲାଇନ୍ମେଣ୍ଟ ଫାଇଲ୍ ଜେନେରେଟ୍ କରିବା ପାଇଁ -ax map-ont ପାରାମିଟର ବ୍ୟବହାର କରାଯାଇଥିଲା। ଆସେମ୍ବଲିକୁ ପ୍ରଥମେ racon v. 1.4.20 ବ୍ୟବହାର କରି ନିମ୍ନଲିଖିତ ପାରାମିଟରଗୁଡ଼ିକ ସହିତ ପରିଷ୍କାର କରାଯାଇଥିଲା: -m 8 -x -6 -g -8 -w 500 -u (Vaser et al., 2017)। racon ସମାପ୍ତ ହେବା ପରେ, ଏହାକୁ medaka v. 1.7.2 ସହିତ ଆହୁରି ପରିଷ୍କାର କରାଯାଇଥିଲା, medaka_consesus ବ୍ୟବହାର କରି, -m ପାରାମିଟର ବ୍ୟତୀତ ସମସ୍ତ ପାରାମିଟରଗୁଡ଼ିକୁ ସେମାନଙ୍କର ଡିଫଲ୍ଟ ମୂଲ୍ୟରେ ଛାଡି ଦିଆଯାଇଥିଲା। ଆମର ତଥ୍ୟ ପାଇଁ ବ୍ୟବହୃତ ପ୍ରବାହ କୋଷ ରସାୟନ ଏବଂ ଉଚ୍ଚ-ସଠିକତା ଆଧାର କଲିଂ ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟ କରିବା ପାଇଁ -m ପାରାମିଟରକୁ r941_min_hac_g507 ରେ ସେଟ୍ କରାଯାଇଛି (nanoporetech/medaka, 2024)। ପରବର୍ତ୍ତୀ ବିଶ୍ଳେଷଣ ପାଇଁ ଫିଲ୍ଟର କରାଯାଇଥିବା ତଥ୍ୟ (ଏଠାରେ ମାଇକ୍ରୋବାୟଲ୍ ତଥ୍ୟ ଭାବରେ ଉଲ୍ଲେଖ କରାଯାଇଛି) ଏବଂ ଶେଷ ସଫା କରାଯାଇଥିବା ସମାବେଶ ବ୍ୟବହାର କରାଯାଇଥିଲା।
ବର୍ଗୀକରଣ ବର୍ଗୀକରଣ ପାଇଁ, ପଠନ ଏବଂ ସଂଗୃହିତ କଣ୍ଟିଗଗୁଡ଼ିକୁ Kraken2 v. 2.1.2 (ଉଡ୍ ଏଟ୍ ଅଲ୍., 2019) ବ୍ୟବହାର କରି ବର୍ଗୀକରଣ କରାଯାଇଥିଲା। ପଠନ ଏବଂ ସଂଗୃହିତ ପାଇଁ ଯଥାକ୍ରମେ ରିପୋର୍ଟ ଏବଂ ଆଉଟପୁଟ୍ ଫାଇଲ୍ ସୃଷ୍ଟି କରନ୍ତୁ। ପଠନ ଏବଂ ସଂଗୃହିତ ବିଶ୍ଳେଷଣ କରିବା ପାଇଁ -ଉପଯୋଗ-ନାମ ବିକଳ୍ପ ବ୍ୟବହାର କରନ୍ତୁ। ପଠନ ଅଂଶ ପାଇଁ -gzip-ସଙ୍କୁଚିତ ଏବଂ -ଯୋଡ଼ା ବିକଳ୍ପଗୁଡ଼ିକ ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟ କରାଯାଇଛି। Bracken v. 2.8 (Lu ଏଟ୍ ଅଲ୍., 2017) ବ୍ୟବହାର କରି ମେଟାଜେନୋମରେ ଟ୍ୟାକ୍ସାର ଆପେକ୍ଷିକ ପ୍ରଚୁରତା ଆକଳନ କରାଯାଇଥିଲା। ଆମେ ପ୍ରଥମେ ନିମ୍ନଲିଖିତ ପାରାମିଟରଗୁଡ଼ିକ ସହିତ bracken-build ବ୍ୟବହାର କରି 1000 ଆଧାର ଧାରଣ କରିଥିବା ଏକ kmer ଡାଟାବେସ୍ ସୃଷ୍ଟି କରିଥିଲୁ: -d-k 35 -l 1000 ଥରେ ତିଆରି ହେବା ପରେ, bracken kraken2 ଦ୍ୱାରା ସୃଷ୍ଟି ହୋଇଥିବା ରିପୋର୍ଟ ଉପରେ ଆଧାର କରି ଚାଲିଥାଏ ଏବଂ ନିମ୍ନଲିଖିତ ବିକଳ୍ପଗୁଡ଼ିକ ବ୍ୟବହାର କରି ତଥ୍ୟକୁ ଫିଲ୍ଟର କରିଥାଏ: -d -I -O-ପି ୧୦୦୦ -ଲି

ସେମାନଙ୍କ ମଧ୍ୟରୁ, ବିଶ୍ଳେଷଣ କରାଯାଉଥିବା ବର୍ଗୀକରଣ ସ୍ତର ଉପରେ ନିର୍ଭର କରି P, G କିମ୍ବା S ଚୟନ କରାଯାଏ। ମିଥ୍ୟା ସକାରାତ୍ମକ ବର୍ଗୀକରଣର ପ୍ରଭାବକୁ କମ କରିବା ପାଇଁ, 1e-4 (1/10,000 ପାଠ) ର ଏକ ସର୍ବନିମ୍ନ ଆପେକ୍ଷିକ ପ୍ରଚୁରତା ସୀମା ଗ୍ରହଣ କରାଯାଇଥିଲା। ପରିସଂଖ୍ୟାନ ବିଶ୍ଳେଷଣ ପୂର୍ବରୁ, ବ୍ରାକେନ୍ (ଭଗ୍ନାଂଶ_ମୋଟ_ପଠନ) ଦ୍ୱାରା ରିପୋର୍ଟ କରାଯାଇଥିବା ଆପେକ୍ଷିକ ପ୍ରଚୁରତା କେନ୍ଦ୍ରିତ ଲଗ୍-ଅନୁପାତ (CLR) ରୂପାନ୍ତର (Aitchison, 1982) ବ୍ୟବହାର କରି ରୂପାନ୍ତରିତ ହୋଇଥିଲା। CLR ପଦ୍ଧତିକୁ ଡାଟା ରୂପାନ୍ତର ପାଇଁ ବାଛି ଦିଆଯାଇଥିଲା କାରଣ ଏହା ସ୍କେଲ୍-ଅପରିବର୍ତ୍ତନୀୟ ଏବଂ ଅଣ-ସ୍ପାର୍ସ ଡାଟାସେଟ୍ ପାଇଁ ଯଥେଷ୍ଟ (Gloor et al., 2017)। CLR ରୂପାନ୍ତର ପ୍ରାକୃତିକ ଲଗାରିଦମ ବ୍ୟବହାର କରେ। ବ୍ରାକେନ୍ ଦ୍ୱାରା ରିପୋର୍ଟ କରାଯାଇଥିବା ଗଣନା ତଥ୍ୟକୁ ଆପେକ୍ଷିକ ଲଗ୍ ପ୍ରକାଶନ (RLE) (Anders and Huber, 2010) ବ୍ୟବହାର କରି ସାଧାରଣ କରାଯାଇଥିଲା। matplotlib v. 3.7.1, seaborn v. 3.7.2 ଏବଂ କ୍ରମିକ ଲଗାରିଦମ (Gloor et al., 2017) ର ମିଶ୍ରଣ ବ୍ୟବହାର କରି ଚିତ୍ରଗୁଡ଼ିକ ସୃଷ୍ଟି କରାଯାଇଥିଲା। 0.12.2 ଏବଂ ଷ୍ଟାଣ୍ଟାନୋଟେସନ୍ v. 0.5.0 (ହଣ୍ଟର, 2007; ୱାସକମ୍, 2021; ଚାର୍ଲିଅର୍ ଏଟ୍ ଅଲ୍., 2022)। ସାଧାରଣ ଜୀବାଣୁ ଗଣନା ବ୍ୟବହାର କରି ପ୍ରତ୍ୟେକ ନମୁନା ପାଇଁ ବ୍ୟାସିଲସ୍/ବାକ୍ଟେରୋଏଡେଟ୍ସ ଅନୁପାତ ଗଣନା କରାଯାଇଥିଲା। ସାରଣୀରେ ରିପୋର୍ଟ କରାଯାଇଥିବା ମୂଲ୍ୟଗୁଡ଼ିକୁ 4 ଦଶମିକ ସ୍ଥାନରେ ଗୋଲ କରାଯାଇଛି। KrakenTools v. 1.2 ପ୍ୟାକେଜ୍ (Lu et al., 2022) ରେ ପ୍ରଦାନ କରାଯାଇଥିବା alpha_diversity.py ସ୍କ୍ରିପ୍ଟ ବ୍ୟବହାର କରି ସିମ୍ପସନ୍ ବିବିଧତା ସୂଚକାଙ୍କ ଗଣନା କରାଯାଇଥିଲା। ସ୍କ୍ରିପ୍ଟରେ ବ୍ରାକେନ୍ ରିପୋର୍ଟ ପ୍ରଦାନ କରାଯାଇଛି ଏବଂ -an ପାରାମିଟର ପାଇଁ ସିମ୍ପସନ୍ ସୂଚକାଙ୍କ "Si" ପ୍ରଦାନ କରାଯାଇଛି। ପ୍ରଚୁରତାରେ ଗୁରୁତ୍ୱପୂର୍ଣ୍ଣ ପାର୍ଥକ୍ୟକୁ ହାରାହାରି CLR ପାର୍ଥକ୍ୟ ≥ 1 କିମ୍ବା ≤ -1 ଭାବରେ ପରିଭାଷିତ କରାଯାଇଥିଲା। ±1 ର ଏକ ହାରାହାରି CLR ପାର୍ଥକ୍ୟ ଏକ ନମୁନା ପ୍ରକାରର ପ୍ରଚୁରତାରେ 2.7 ଗୁଣ ବୃଦ୍ଧି ସୂଚାଇଥାଏ। ଚିହ୍ନ (+/-) ସୂଚାଇଥାଏ ଯେ PPA ନମୁନା ଏବଂ ନିୟନ୍ତ୍ରଣ ନମୁନାରେ ଟିକସନ୍ ଯଥାକ୍ରମେ ଅଧିକ ପ୍ରଚୁର ଅଛି କି ନାହିଁ। ମାନ-ହ୍ୱିଟନି ୟୁ ପରୀକ୍ଷା (ଭିର୍ଟାନେନ ଏବଂ ଅନ୍ୟାନ୍ୟ, 2020) ବ୍ୟବହାର କରି ଗୁରୁତ୍ୱ ନିର୍ଣ୍ଣୟ କରାଯାଇଥିଲା। ଷ୍ଟାଟସମଡେଲ v. 0.14 (ବେଞ୍ଜାମିନ ଏବଂ ହୋଚବର୍ଗ, 1995; ସିବୋଲ୍ଡ ଏବଂ ପର୍କଟୋଲ୍ଡ, 2010) ବ୍ୟବହାର କରାଯାଇଥିଲା, ଏବଂ ବହୁବିଧ ପରୀକ୍ଷା ପାଇଁ ସଂଶୋଧନ ପାଇଁ ବେଞ୍ଜାମିନ-ହୋଚବର୍ଗ ପଦ୍ଧତି ପ୍ରୟୋଗ କରାଯାଇଥିଲା। ପରିସଂଖ୍ୟାନ ଗୁରୁତ୍ୱ ନିର୍ଣ୍ଣୟ ପାଇଁ ଏକ ସମନ୍ୱିତ p-ମୂଲ୍ୟ ≤ 0.05 ଥ୍ରେସହୋଲ୍ଡ ଭାବରେ ବ୍ୟବହୃତ ହୋଇଥିଲା।
ମାରାଙ୍ଗା ଏବଂ ଅନ୍ୟାନ୍ୟ (ମାରାଙ୍ଗା ଏବଂ ଅନ୍ୟାନ୍ୟ, 2023) ଦ୍ୱାରା ବର୍ଣ୍ଣିତ ପ୍ରୋଟୋକଲର ଏକ ପରିବର୍ତ୍ତିତ ସଂସ୍କରଣ ବ୍ୟବହାର କରି ଜିନ୍ ବ୍ୟାଖ୍ୟା ଏବଂ ଆପେକ୍ଷିକ ପ୍ରଚୁରତା ଆକଳନ କରାଯାଇଥିଲା। ପ୍ରଥମେ, SeqKit v. 2.5.1 (ସେନ୍ ଏବଂ ଅନ୍ୟାନ୍ୟ, 2016) ବ୍ୟବହାର କରି ସମସ୍ତ ଆସେମ୍ବଲିରୁ 500 bp ରୁ କମ୍ କଣ୍ଟିଗ୍ ଅପସାରିତ କରାଯାଇଥିଲା। ତା'ପରେ ଚୟନିତ ଆସେମ୍ବଲିଗୁଡ଼ିକୁ ଏକ ପ୍ୟାନ୍-ମେଟାଜେନୋମରେ ମିଶ୍ରଣ କରାଯାଇଥିଲା। ନିମ୍ନଲିଖିତ ପାରାମିଟର ସହିତ ପ୍ରୋଡିଗାଲ୍ v. 1.0.1 (ପ୍ରୋଡିଗାଲ୍ v. 2.6.3 ର ଏକ ସମାନ୍ତରାଳ ସଂସ୍କରଣ) ବ୍ୟବହାର କରି ଖୋଲା ପଠନ ଫ୍ରେମ୍ (ORF) ଚିହ୍ନଟ କରାଯାଇଥିଲା: -d-f gff-i -O-T 24 -p ମେଟା -C 10000 (Hyett et al., 2012; Jaenicke, 2024)। ଫଳରେ ସୃଷ୍ଟି ହୋଇଥିବା ନ୍ୟୁକ୍ଲିଓଟାଇଡ୍ ଫାଇଲଗୁଡ଼ିକୁ ସମସ୍ତ ଅସମ୍ପୂର୍ଣ୍ଣ ଜିନ୍ ଅପସାରଣ କରିବା ପାଇଁ ପାଇଥନ୍ ବ୍ୟବହାର କରି ଫିଲ୍ଟର କରାଯାଇଥିଲା। CD-HIT v. 4.8.1 ପରେ ନିମ୍ନଲିଖିତ ପାରାମିଟରଗୁଡ଼ିକ ସହିତ ଜିନ୍ କ୍ଲଷ୍ଟର କରିବା ପାଇଁ ବ୍ୟବହାର କରାଯାଇଥିଲା: cd-hit-est -i -O-c 0.95 -s 0.85 -aS 0.9 -n 10 -d 256 -M 350000 -T 24 -l 100 -g 1 (ଫୁ ଏଟ୍ ଅଲ୍., 2012)। ଜିନ୍ ପ୍ରଚୁରତା ଏବଂ ବ୍ୟାଖ୍ୟା ଆକଳନ କରିବା ପାଇଁ ଉତ୍ପନ୍ନ ଅଣ-ଅନାବଶ୍ୟକ ଜିନ୍ କ୍ୟାଟାଲଗ୍ ବ୍ୟବହାର କରାଯାଇଥିଲା। KMA v. 1.4.9 (କ୍ଲାଉସେନ୍ ଏଟ୍ ଅଲ୍., 2018) ବ୍ୟବହାର କରି ଆପେକ୍ଷିକ ଜିନ୍ ପ୍ରଚୁରତା ଆକଳନ କରାଯାଇଥିଲା। ପ୍ରଥମେ, ନିମ୍ନଲିଖିତ ପାରାମିଟରଗୁଡ଼ିକ ସହିତ KMA ସୂଚୀ ବ୍ୟବହାର କରି ଏକ ସୂଚୀ ଫାଇଲ୍ ତିଆରି କରନ୍ତୁ: -i -Oତା'ପରେ, ବାୟୋଇନଫର୍ମେଟିକ୍ସ ପାଇପଲାଇନ୍ ବିଭାଗରେ ବର୍ଣ୍ଣିତ ପ୍ରତ୍ୟେକ ନମୁନା ପାଇଁ ମାଇକ୍ରୋବାୟଲ୍ ପଠନ ସହିତ ସୃଷ୍ଟି ହୋଇଥିବା ସୂଚକାଙ୍କ ବ୍ୟବହାର କରି, KMA ନିମ୍ନଲିଖିତ ପାରାମିଟର ସହିତ ଚାଲିଥିଲା: -i -O-ଟି_ଡିବି-bcNano -bc 0.7 -ef -t 24. ତା'ପରେ, CLR ବ୍ୟବହାର କରି ଜିନ୍ ଗଣନାକୁ ସ୍ୱାଭାବିକ କରାଯାଇଥିଲା, ଏବଂ ସାଇ-କିଟ୍ ଲର୍ଣ୍ଣର ପ୍ରମୁଖ ଉପାଦାନ ବିଶ୍ଳେଷଣ (PCA) ଶ୍ରେଣୀ ବ୍ୟବହାର କରାଯାଇଥିଲା (Pedregosa et al., 2011)। ପୂର୍ବାନୁମାନ କରାଯାଇଥିବା ଜିନ୍ ଆନୋଟେସନ୍ eggNOG v. 2.1.12 ର emapper.py ସ୍କ୍ରିପ୍ଟ ଏବଂ eggNOG ଡାଟାବେସ୍ ସଂସ୍କରଣ 5.0.2 ବ୍ୟବହାର କରି ନିମ୍ନଲିଖିତ ପାରାମିଟର ସହିତ ଅଣ-ଅନାବଶ୍ୟକ ଜିନ୍ କ୍ୟାଟାଲଗ୍ ଉପରେ କରାଯାଇଥିଲା: –itype CDS –cpu 24 -i– ଡାଟା କ୍ୟାଟାଲଗ୍–go_evidence ଅଣ-ଇଲେକ୍ଟ୍ରୋନିକ୍ – ଆଉଟପୁଟ୍– ଆଉଟପୁଟ୍ ଡାଇରେକ୍ଟୋରୀ–ଲକ୍ଷ୍ୟ_ଅର୍ଥୋଲୋଗ୍ସ ସମସ୍ତ –ବୀଜ_ଅର୍ଥୋଲୋଗ୍_ଭ୍ୟାଲୁ ୦.୦୦୧ –ବୀଜ_ଅର୍ଥୋଲୋଗ୍_ସ୍କୋର୍ ୬୦ –କ୍ୱେରୀ_କଭର ୨୦ –ବିଷୟ_କଭର ୦ –ଅନୁବାଦ –ଓଭରରାଇଡ୍ –ଟେମ୍ପ_ଡିୟାର(Cantalapiedra et al., 2021)। ପର୍ଯ୍ୟାପ୍ତ ଟେମ୍ପଲେଟ୍ କଭରେଜ୍ ଏବଂ ଟେମ୍ପଲେଟ୍ ପରିଚୟ (≥ 90%) ଏବଂ ପ୍ରଚୁରତା (ଗଭୀରତା ≥ 3) ସହିତ ଜିନ୍ ଚୟନ କରିବା ପାଇଁ KMA ଫଳାଫଳଗୁଡ଼ିକୁ ସ୍କ୍ରିନିଂ କରାଯାଇଥିଲା। ଉପରେ ବର୍ଣ୍ଣିତ CLR ବ୍ୟବହାର କରି KMA ଗଭୀରତା ଫଳାଫଳଗୁଡ଼ିକୁ ରୂପାନ୍ତରିତ କରାଯାଇଥିଲା। ତା'ପରେ KMA ଫଳାଫଳଗୁଡ଼ିକୁ ପ୍ରତ୍ୟେକ ଜିନ୍ ପାଇଁ କଣ୍ଟିଗ୍ ଉତ୍ସ ବ୍ୟବହାର କରି କାର୍ଯ୍ୟକ୍ଷମ ଆନୋଟେସନ୍ ଏବଂ ବର୍ଗୀକରଣ ଫଳାଫଳରୁ କଣ୍ଟିଗ୍ ID ସହିତ ତୁଳନା କରାଯାଇଥିଲା। ଟ୍ୟାକ୍ସା ପରି, ଜିନ୍ ପ୍ରଚୁରତାରେ ଗୁରୁତ୍ୱପୂର୍ଣ୍ଣ ପାର୍ଥକ୍ୟକୁ ହାରାହାରି CLR ପାର୍ଥକ୍ୟ ≥ 1 କିମ୍ବା ≤ -1 ସହିତ ଜିନ୍ ଭାବରେ ପରିଭାଷିତ କରାଯାଇଥିଲା, ଏକ ଚିହ୍ନ (+/-) ସହିତ ସୂଚିତ କରିଥିଲା ​​ଯେ PPA କିମ୍ବା ନିୟନ୍ତ୍ରଣ ନମୁନାରେ ଜିନ୍ ଅଧିକ ପ୍ରଚୁର ଥିଲା।
ଜିନ୍ ପଥ ପ୍ରଚୁରତା ତୁଳନା କରିବା ପାଇଁ eggNOG ଦ୍ୱାରା ନିଯୁକ୍ତ Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) ଅର୍ଥୋଲୋଗ୍ (KO) ଚିହ୍ନଟକାରୀ ଅନୁସାରେ ଜିନ୍‌ଗୁଡ଼ିକୁ ପ୍ରଥମେ ଗୋଷ୍ଠୀଭୁକ୍ତ କରାଯାଇଥିଲା। ବିଶ୍ଳେଷଣ ପୂର୍ବରୁ ନକଆଉଟ୍ ବିନା କିମ୍ବା ଏକାଧିକ ନକଆଉଟ୍ ସହିତ ଜିନ୍‌ଗୁଡ଼ିକୁ ଅପସାରଣ କରାଯାଇଥିଲା। ପ୍ରତି ନମୁନାରେ ପ୍ରତ୍ୟେକ KOର ହାରାହାରି ପ୍ରଚୁରତା ଗଣନା କରାଯାଇଥିଲା ଏବଂ ପରିସଂଖ୍ୟାନ ବିଶ୍ଳେଷଣ କରାଯାଇଥିଲା। PPA ମେଟାବୋଲିଜିନ୍ ଜିନ୍‌ଗୁଡ଼ିକୁ KEGG_Pathway ସ୍ତମ୍ଭରେ ଏକ ଧାଡି ko00640 ନିଯୁକ୍ତ କରାଯାଇଥିବା ଯେକୌଣସି ଜିନ୍ ଭାବରେ ପରିଭାଷିତ କରାଯାଇଥିଲା, ଯାହା KEGG ଅନୁଯାୟୀ ପ୍ରୋପିଓନେଟ୍ ମେଟାବୋଲିଜିମ୍‌ରେ ଏକ ଭୂମିକା ସୂଚାଇଥାଏ। PPA ଉତ୍ପାଦନ ସହିତ ଜଡିତ ଭାବରେ ଚିହ୍ନଟ ହୋଇଥିବା ଜିନ୍‌ଗୁଡ଼ିକୁ ପରିପୂରକ ସାରଣୀ 1 (Reichardt et al., 2014; Yang et al., 2017) ରେ ତାଲିକାଭୁକ୍ତ କରାଯାଇଛି। ପ୍ରତ୍ୟେକ ନମୁନା ପ୍ରକାରରେ ଯଥେଷ୍ଟ ଅଧିକ ପ୍ରଚୁର ଥିବା PPA ମେଟାବୋଲିଜିମ୍ ଏବଂ ଉତ୍ପାଦନ ଜିନ୍‌ଗୁଡ଼ିକୁ ଚିହ୍ନଟ କରିବା ପାଇଁ ପର୍ମୁଟେସନ୍ ପରୀକ୍ଷା କରାଯାଇଥିଲା। ବିଶ୍ଳେଷିତ ପ୍ରତ୍ୟେକ ଜିନ୍ ପାଇଁ ଏକ ହଜାର ପର୍ମୁଟେସନ୍ କରାଯାଇଥିଲା। ପରିସଂଖ୍ୟାନଗତ ଗୁରୁତ୍ୱ ନିର୍ଣ୍ଣୟ କରିବା ପାଇଁ 0.05 ର ଏକ p-ମୂଲ୍ୟକୁ ଏକ କଟଅଫ୍ ଭାବରେ ବ୍ୟବହାର କରାଯାଇଥିଲା। କ୍ଲଷ୍ଟର ମଧ୍ୟରେ ପ୍ରତିନିଧି ଜିନ୍‌ର ଆନୋଟେସନ୍ ଉପରେ ଆଧାର କରି ଏକ କ୍ଲଷ୍ଟର ମଧ୍ୟରେ ବ୍ୟକ୍ତିଗତ ଜିନ୍‌କୁ କାର୍ଯ୍ୟକ୍ଷମ ଆନୋଟେସନ୍ ନ୍ୟସ୍ତ କରାଯାଇଥିଲା। EggNOG ବ୍ୟବହାର କରି କାର୍ଯ୍ୟକ୍ଷମ ଆନୋଟେସନ୍ ସମୟରେ ରଖାଯାଇଥିବା ସମାନ କଣ୍ଟିଗ୍ ID ସହିତ Kraken2 ଆଉଟପୁଟ୍ ଫାଇଲ୍‌ରେ କଣ୍ଟିଗ୍ ID ମେଳ କରି PPA ମେଟାବୋଲିଜିମ୍ ଏବଂ/ଅଥବା PPA ଉତ୍ପାଦନ ସହିତ ଜଡିତ ଟ୍ୟାକ୍ସାକୁ ଚିହ୍ନଟ କରାଯାଇପାରିବ। ପୂର୍ବରୁ ବର୍ଣ୍ଣିତ ମାନ-ହ୍ୱିଟନି U ପରୀକ୍ଷା ବ୍ୟବହାର କରି ଗୁରୁତ୍ୱ ପରୀକ୍ଷା କରାଯାଇଥିଲା। ବେଞ୍ଜାମିନି-ହୋଚବର୍ଗ ପ୍ରକ୍ରିୟା ବ୍ୟବହାର କରି ଏକାଧିକ ପରୀକ୍ଷଣ ପାଇଁ ସଂଶୋଧନ କରାଯାଇଥିଲା। ପରିସଂଖ୍ୟାନଗତ ଗୁରୁତ୍ୱ ନିର୍ଣ୍ଣୟ କରିବା ପାଇଁ ≤ 0.05 ର ଏକ p-ମୂଲ୍ୟକୁ ଏକ କଟଅଫ୍ ଭାବରେ ବ୍ୟବହାର କରାଯାଇଥିଲା।
ସିମ୍ପସନ୍ ବିବିଧତା ସୂଚକାଙ୍କ ବ୍ୟବହାର କରି ମୂଷାଙ୍କ ଅନ୍ତନଳୀ ମାଇକ୍ରୋବାୟୋମର ବିବିଧତା ମୂଲ୍ୟାଙ୍କନ କରାଯାଇଥିଲା। ପ୍ରଜାତି ଏବଂ ପ୍ରଜାତି ବିବିଧତା ଦୃଷ୍ଟିରୁ ନିୟନ୍ତ୍ରଣ ଏବଂ PPA ନମୁନା ମଧ୍ୟରେ କୌଣସି ଗୁରୁତ୍ୱପୂର୍ଣ୍ଣ ପାର୍ଥକ୍ୟ ପରିଲକ୍ଷିତ ହୋଇନଥିଲା (ପ୍ରଜାତି ପାଇଁ p-ମୂଲ୍ୟ: 0.18, ପ୍ରଜାତି ପାଇଁ p-ମୂଲ୍ୟ: 0.16) (ଚିତ୍ର 1)। ତା'ପରେ ମୁଖ୍ୟ ଉପାଦାନ ବିଶ୍ଳେଷଣ (PCA) ବ୍ୟବହାର କରି ସୂକ୍ଷ୍ମଜୀବ ଗଠନ ତୁଳନା କରାଯାଇଥିଲା। ଚିତ୍ର 2 ନମୁନାଗୁଡ଼ିକର ଫାଇଲା ଦ୍ୱାରା କ୍ଲଷ୍ଟରିଂ ଦର୍ଶାଉଛି, ଯାହା ସୂଚାଇଛି ଯେ PPA ଏବଂ ନିୟନ୍ତ୍ରଣ ନମୁନା ମଧ୍ୟରେ ମାଇକ୍ରୋବାୟୋମର ପ୍ରଜାତି ଗଠନରେ ପାର୍ଥକ୍ୟ ଥିଲା। ଏହି କ୍ଲଷ୍ଟରିଂ ପ୍ରଜାତି ସ୍ତରରେ କମ୍ ସ୍ପଷ୍ଟ ଥିଲା, ଯାହା ସୂଚାଇ ଦେଉଛି ଯେ PPA କିଛି ଜୀବାଣୁକୁ ପ୍ରଭାବିତ କରେ (ପରିପୂରକ ଚିତ୍ର 1)।
ଚିତ୍ର 1. ମୂଷା ଅନ୍ତନଳୀ ମାଇକ୍ରୋବାଇଓମର ଜେନେରା ଏବଂ ପ୍ରଜାତି ଗଠନର ଆଲଫା ବିବିଧତା। PPA ଏବଂ ନିୟନ୍ତ୍ରଣ ନମୁନାରେ ଜେନେରା (A) ଏବଂ ପ୍ରଜାତି (B) ର ସିମ୍ପସନ୍ ବିବିଧତା ସୂଚକାଙ୍କ ଦେଖାଉଥିବା ବାକ୍ସ ପ୍ଲଟ୍। ମାନ-ହ୍ୱିଟନି U ପରୀକ୍ଷା ବ୍ୟବହାର କରି ଗୁରୁତ୍ୱ ନିର୍ଣ୍ଣୟ କରାଯାଇଥିଲା, ଏବଂ ବେଞ୍ଜାମିନି-ହୋଚବର୍ଗ ପ୍ରକ୍ରିୟା ବ୍ୟବହାର କରି ବହୁ ସଂଶୋଧନ କରାଯାଇଥିଲା। ns, p-ମୂଲ୍ୟ ଗୁରୁତ୍ୱପୂର୍ଣ୍ଣ ନଥିଲା (p>0.05)।
ଚିତ୍ର 2. ପ୍ରଜାତି ସ୍ତରରେ ମୂଷା ଅନ୍ତନଳୀ ମାଇକ୍ରୋବାୟୋମ୍ ରଚନାର ମୁଖ୍ୟ ଉପାଦାନ ବିଶ୍ଳେଷଣର ଫଳାଫଳ। ମୁଖ୍ୟ ଉପାଦାନ ବିଶ୍ଳେଷଣ ପ୍ଲଟ୍ ସେମାନଙ୍କର ପ୍ରଥମ ଦୁଇଟି ମୁଖ୍ୟ ଉପାଦାନ ମଧ୍ୟରେ ନମୁନାର ବଣ୍ଟନ ପ୍ରଦର୍ଶନ କରେ। ରଙ୍ଗଗୁଡ଼ିକ ନମୁନା ପ୍ରକାରକୁ ସୂଚିତ କରେ: PPA-ଉଦ୍ଘାଟିତ ମୂଷା ବାଇଗଣୀ ଏବଂ ନିୟନ୍ତ୍ରଣ ମୂଷା ହଳଦିଆ। ମୁଖ୍ୟ ଉପାଦାନ 1 ଏବଂ 2 ଯଥାକ୍ରମେ x-ଅକ୍ଷ ଏବଂ y-ଅକ୍ଷରେ ପ୍ଲଟ୍ କରାଯାଇଛି, ଏବଂ ସେମାନଙ୍କର ବ୍ୟାଖ୍ୟା କରାଯାଇଥିବା ଭିନ୍ନତା ଅନୁପାତ ଭାବରେ ପ୍ରକାଶ କରାଯାଇଛି।
RLE ରୂପାନ୍ତରିତ ଗଣନା ତଥ୍ୟ ବ୍ୟବହାର କରି, ନିୟନ୍ତ୍ରଣ ଏବଂ PPA ମୂଷାରେ ମଧ୍ୟମା ବ୍ୟାକ୍ଟେରୋଏଡେଟ୍ସ/ବାସିଲି ଅନୁପାତରେ ଏକ ଗୁରୁତ୍ୱପୂର୍ଣ୍ଣ ହ୍ରାସ ପରିଲକ୍ଷିତ ହୋଇଥିଲା (ନିୟନ୍ତ୍ରଣ: 9.66, PPA: 3.02; p-ମୂଲ୍ୟ = 0.0011)। ନିୟନ୍ତ୍ରଣ ତୁଳନାରେ PPA ମୂଷାରେ ବ୍ୟାକ୍ଟେରୋଏଡେଟ୍ସର ଅଧିକ ପ୍ରଚୁରତା ହେତୁ ଏହି ପାର୍ଥକ୍ୟ ହୋଇଥିଲା, ଯଦିଓ ପାର୍ଥକ୍ୟ ଗୁରୁତ୍ୱପୂର୍ଣ୍ଣ ନଥିଲା (ନିୟନ୍ତ୍ରଣ ଅର୍ଥ CLR: 5.51, PPA ଅର୍ଥ CLR: 6.62; p-ମୂଲ୍ୟ = 0.054), ଯେତେବେଳେ ବ୍ୟାକ୍ଟେରୋଏଡେଟ୍ସର ପ୍ରଚୁରତା ସମାନ ଥିଲା (ନିୟନ୍ତ୍ରଣ ଅର୍ଥ CLR: 7.76, PPA ଅର୍ଥ CLR: 7.60; p-ମୂଲ୍ୟ = 0.18)।
ଅନ୍ତନଳୀ ମାଇକ୍ରୋବାଇଓମର ଟ୍ୟାକ୍ସୋନୋମିକ୍ ସଦସ୍ୟଙ୍କ ପ୍ରଚୁରତାର ବିଶ୍ଳେଷଣରୁ ଜଣାପଡିଛି ଯେ PPA ଏବଂ ନିୟନ୍ତ୍ରଣ ନମୁନା ମଧ୍ୟରେ 1 ଫାଇଲମ୍ ଏବଂ 77 ପ୍ରଜାତି ଯଥେଷ୍ଟ ଭିନ୍ନ ଥିଲେ (ପରିପୂରକ ସାରଣୀ 2)। PPA ନମୁନାରେ 59 ପ୍ରଜାତିଙ୍କ ପ୍ରଚୁରତା ନିୟନ୍ତ୍ରଣ ନମୁନା ତୁଳନାରେ ଯଥେଷ୍ଟ ଅଧିକ ଥିଲା, ଯେତେବେଳେ ନିୟନ୍ତ୍ରଣ ନମୁନାରେ କେବଳ 16 ପ୍ରଜାତିଙ୍କ ପ୍ରଚୁରତା PPA ନମୁନା ତୁଳନାରେ ଅଧିକ ଥିଲା (ଚିତ୍ର 3)।
ଚିତ୍ର 3. PPA ଏବଂ ନିୟନ୍ତ୍ରଣ ମୂଷାର ଅନ୍ତନଳୀ ମାଇକ୍ରୋବାୟୋମରେ ଟ୍ୟାକ୍ସାର ପାର୍ଥକ୍ୟ ପ୍ରଚୁରତା। ଜ୍ୱାଳାମୁଖୀ ପ୍ଲଟ୍ PPA ଏବଂ ନିୟନ୍ତ୍ରଣ ନମୁନା ମଧ୍ୟରେ ଜେନେରା (A) କିମ୍ବା ପ୍ରଜାତି (B) ର ପ୍ରଚୁରତାରେ ପାର୍ଥକ୍ୟ ପ୍ରଦର୍ଶନ କରେ। ଧୂସର ବିନ୍ଦୁଗୁଡ଼ିକ ଟ୍ୟାକ୍ସାର ପ୍ରଚୁରତାରେ କୌଣସି ଗୁରୁତ୍ୱପୂର୍ଣ୍ଣ ପାର୍ଥକ୍ୟ ସୂଚାଏ ନାହିଁ। ରଙ୍ଗୀନ ବିନ୍ଦୁଗୁଡ଼ିକ ପ୍ରଚୁରତାରେ ଗୁରୁତ୍ୱପୂର୍ଣ୍ଣ ପାର୍ଥକ୍ୟ ସୂଚାଏ (p-ମୂଲ୍ୟ ≤ 0.05)। ନମୁନା ପ୍ରକାର ମଧ୍ୟରେ ପ୍ରଚୁରତାରେ ସର୍ବାଧିକ ପାର୍ଥକ୍ୟ ସହିତ ଶୀର୍ଷ 20 ଟି ଟ୍ୟାକ୍ସା ଯଥାକ୍ରମେ ଲାଲ ଏବଂ ହାଲୁକା ନୀଳ (ନିୟନ୍ତ୍ରଣ ଏବଂ PPA ନମୁନା) ରେ ଦେଖାଯାଇଛି। ହଳଦିଆ ଏବଂ ବାଇଗଣୀ ବିନ୍ଦୁଗୁଡ଼ିକ ନିୟନ୍ତ୍ରଣ ଅପେକ୍ଷା ନିୟନ୍ତ୍ରଣ କିମ୍ବା PPA ନମୁନାରେ ଅତି କମରେ 2.7 ଗୁଣ ଅଧିକ ପ୍ରଚୁର ଥିଲା। କଳା ବିନ୍ଦୁଗୁଡ଼ିକ -1 ଏବଂ 1 ମଧ୍ୟରେ ହାରାହାରି CLR ପାର୍ଥକ୍ୟ ସହିତ ଉଲ୍ଲେଖନୀୟ ଭାବରେ ଭିନ୍ନ ପ୍ରଚୁରତା ସହିତ ଟ୍ୟାକ୍ସାକୁ ପ୍ରତିନିଧିତ୍ୱ କରେ। P ମୂଲ୍ୟଗୁଡ଼ିକୁ ମାନ-ହ୍ୱିଟନି U ପରୀକ୍ଷା ବ୍ୟବହାର କରି ଗଣନା କରାଯାଇଥିଲା ଏବଂ ବେଞ୍ଜାମିନି-ହୋଚବର୍ଗ ପ୍ରକ୍ରିୟା ବ୍ୟବହାର କରି ଏକାଧିକ ପରୀକ୍ଷଣ ପାଇଁ ସଂଶୋଧନ କରାଯାଇଥିଲା। ବୋଲ୍ଡ ମଧ୍ୟମ CLR ପାର୍ଥକ୍ୟ ପ୍ରଚୁରତାରେ ଗୁରୁତ୍ୱପୂର୍ଣ୍ଣ ପାର୍ଥକ୍ୟ ସୂଚାଏ।
ଅନ୍ତନଳୀର ମାଇକ୍ରୋବାୟୋମିକ୍ ରଚନା ବିଶ୍ଳେଷଣ କରିବା ପରେ, ଆମେ ମାଇକ୍ରୋବାୟୋମର ଏକ କାର୍ଯ୍ୟକ୍ଷମ ବ୍ୟାଖ୍ୟା କରିଥିଲୁ। ନିମ୍ନ-ଗୁଣବତ୍ତା ଜିନ୍ ଫିଲ୍ଟର କରିବା ପରେ, ସମସ୍ତ ନମୁନାରେ ମୋଟ 378,355 ଅନନ୍ୟ ଜିନ୍ ଚିହ୍ନଟ କରାଯାଇଥିଲା। ଏହି ଜିନ୍‌ଗୁଡ଼ିକର ପରିବର୍ତ୍ତିତ ପ୍ରଚୁରତାକୁ ମୁଖ୍ୟ ଉପାଦାନ ବିଶ୍ଳେଷଣ (PCA) ପାଇଁ ବ୍ୟବହାର କରାଯାଇଥିଲା, ଏବଂ ଫଳାଫଳଗୁଡ଼ିକ ସେମାନଙ୍କର କାର୍ଯ୍ୟକ୍ଷମ ପ୍ରୋଫାଇଲ୍ ଉପରେ ଆଧାରିତ ନମୁନା ପ୍ରକାରଗୁଡ଼ିକର ଉଚ୍ଚ ପରିମାଣର କ୍ଲଷ୍ଟରିଂ ଦେଖାଇଥିଲା (ଚିତ୍ର 4)।
ଚିତ୍ର 4. ମୂଷା ଅନ୍ତନଳୀ ମାଇକ୍ରୋବାଇଓମର କାର୍ଯ୍ୟକ୍ଷମ ପ୍ରୋଫାଇଲ୍ ବ୍ୟବହାର କରି PCA ଫଳାଫଳ। PCA ପ୍ଲଟ୍ ସେମାନଙ୍କର ପ୍ରଥମ ଦୁଇଟି ମୁଖ୍ୟ ଉପାଦାନ ମଧ୍ୟରେ ନମୁନାର ବଣ୍ଟନ ପ୍ରଦର୍ଶନ କରେ। ରଙ୍ଗଗୁଡ଼ିକ ନମୁନା ପ୍ରକାରକୁ ସୂଚିତ କରେ: PPA-ଉଦ୍ଘାଟିତ ମୂଷା ବାଇଗଣୀ ଏବଂ ନିୟନ୍ତ୍ରଣ ମୂଷା ହଳଦିଆ। ମୁଖ୍ୟ ଉପାଦାନ 1 ଏବଂ 2 ଯଥାକ୍ରମେ x-ଅକ୍ଷ ଏବଂ y-ଅକ୍ଷରେ ପ୍ଲଟ୍ କରାଯାଇଛି, ଏବଂ ସେମାନଙ୍କର ବ୍ୟାଖ୍ୟା କରାଯାଇଥିବା ଭିନ୍ନତା ଅନୁପାତ ଭାବରେ ପ୍ରକାଶ କରାଯାଇଛି।
ଆମେ ପରବର୍ତ୍ତୀ ସମୟରେ ବିଭିନ୍ନ ନମୁନା ପ୍ରକାରରେ KEGG ନକଆଉଟର ପ୍ରଚୁରତା ପରୀକ୍ଷା କରିଥିଲୁ। ମୋଟ 3648 ଟି ଅନନ୍ୟ ନକଆଉଟ ଚିହ୍ନଟ କରାଯାଇଥିଲା, ଯେଉଁଥିରୁ 196 ଟି ନିୟନ୍ତ୍ରଣ ନମୁନାରେ ଯଥେଷ୍ଟ ଅଧିକ ଏବଂ 106 ଟି PPA ନମୁନାରେ ଅଧିକ ପ୍ରଚୁର ଥିଲା (ଚିତ୍ର 5)। ନିୟନ୍ତ୍ରଣ ନମୁନାରେ ମୋଟ 145 ଟି ଜିନ୍ ଏବଂ PPA ନମୁନାରେ 61 ଟି ଜିନ୍ ଚିହ୍ନଟ କରାଯାଇଥିଲା, ଯାହାର ଯଥେଷ୍ଟ ଭିନ୍ନ ପ୍ରଚୁରତା ଥିଲା। PPA ନମୁନାରେ ଲିପିଡ୍ ଏବଂ ଆମିନୋସୁଗାର ମେଟାବୋଲିଜିମ୍ ସହିତ ଜଡିତ ପଥଗୁଡ଼ିକ ଯଥେଷ୍ଟ ଅଧିକ ସମୃଦ୍ଧ ହୋଇଥିଲା (ପରିପୂରକ ସାରଣୀ 3)। ନିୟନ୍ତ୍ରଣ ନମୁନାରେ ନାଇଟ୍ରୋଜେନ୍ ମେଟାବୋଲିଜିମ୍ ଏବଂ ସଲଫର ରିଲେ ସିଷ୍ଟମ ସହିତ ଜଡିତ ପଥଗୁଡ଼ିକ ଯଥେଷ୍ଟ ଅଧିକ ସମୃଦ୍ଧ ହୋଇଥିଲା (ପରିପୂରକ ସାରଣୀ 3)। PPA ନମୁନାରେ ଆମିନୋସୁଗାର/ନ୍ୟୁକ୍ଲିଓଟିଆନ୍ ମେଟାବୋଲିଜିମ୍ (ko:K21279) ଏବଂ ଇନୋସିଟଲ୍ ଫସଫେଟ୍ ମେଟାବୋଲିଜିମ୍ (ko:K07291) ସହିତ ଜଡିତ ଜିନ୍ ର ପ୍ରଚୁରତା ଯଥେଷ୍ଟ ଅଧିକ ଥିଲା (ଚିତ୍ର 5)। ନିୟନ୍ତ୍ରଣ ନମୁନାଗୁଡ଼ିକରେ ବେଞ୍ଜୋଏଟ୍ ମେଟାବୋଲିଜିମ୍ (ko:K22270), ନାଇଟ୍ରୋଜେନ୍ ମେଟାବୋଲିଜିମ୍ (ko:K00368), ଏବଂ ଗ୍ଲାଇକୋଲିସିସ୍/ଗ୍ଲୁକୋନେଜେନେସିସ୍ (ko:K00131) ସହିତ ଜଡିତ ଯଥେଷ୍ଟ ଅଧିକ ଜିନ୍ ଥିଲା (ଚିତ୍ର 5)।
ଚିତ୍ର 5. PPA ଏବଂ ନିୟନ୍ତ୍ରଣ ମୂଷାର ଅନ୍ତନଳୀ ମାଇକ୍ରୋବାୟୋମରେ KO ର ଭିନ୍ନ ପ୍ରଚୁରତା। ଜ୍ୱାଳାମୁଖୀ ପ୍ଲଟ୍ କାର୍ଯ୍ୟକ୍ଷମ ଗୋଷ୍ଠୀ (KO) ର ପ୍ରଚୁରତାରେ ପାର୍ଥକ୍ୟକୁ ଦର୍ଶାଏ। ଧୂସର ବିନ୍ଦୁଗୁଡ଼ିକ KO କୁ ସୂଚିତ କରେ ଯାହାର ପ୍ରଚୁରତା ନମୁନା ପ୍ରକାରଗୁଡ଼ିକ ମଧ୍ୟରେ ଯଥେଷ୍ଟ ଭିନ୍ନ ନଥିଲା (p-ମୂଲ୍ୟ > 0.05)। ରଙ୍ଗୀନ ବିନ୍ଦୁଗୁଡ଼ିକ ପ୍ରଚୁରତାରେ ଗୁରୁତ୍ୱପୂର୍ଣ୍ଣ ପାର୍ଥକ୍ୟକୁ ସୂଚିତ କରେ (p-ମୂଲ୍ୟ ≤ 0.05)। ନମୁନା ପ୍ରକାରଗୁଡ଼ିକ ମଧ୍ୟରେ ପ୍ରଚୁରତାରେ ସର୍ବାଧିକ ପାର୍ଥକ୍ୟ ସହିତ 20 KO କୁ ଲାଲ ଏବଂ ହାଲୁକା ନୀଳ ରଙ୍ଗରେ ଦର୍ଶାଯାଇଛି, ଯାହା ନିୟନ୍ତ୍ରଣ ଏବଂ PPA ନମୁନା ସହିତ ସମାନ। ହଳଦିଆ ଏବଂ ବାଇଗଣୀ ବିନ୍ଦୁଗୁଡ଼ିକ KO କୁ ସୂଚିତ କରେ ଯାହା ନିୟନ୍ତ୍ରଣ ଏବଂ PPA ନମୁନାରେ ଯଥାକ୍ରମେ ଅତି କମରେ 2.7 ଗୁଣ ଅଧିକ ପ୍ରଚୁର ଥିଲା। କଳା ବିନ୍ଦୁଗୁଡ଼ିକ -1 ଏବଂ 1 ମଧ୍ୟରେ ହାରାହାରି CLR ପାର୍ଥକ୍ୟ ସହିତ ଯଥେଷ୍ଟ ଭିନ୍ନ ପ୍ରଚୁରତା ସହିତ KO କୁ ସୂଚିତ କରେ। P ମୂଲ୍ୟଗୁଡ଼ିକୁ ମାନ-ହ୍ୱିଟନି U ପରୀକ୍ଷା ବ୍ୟବହାର କରି ଗଣନା କରାଯାଇଥିଲା ଏବଂ ବେଞ୍ଜାମିନି-ହୋଚବର୍ଗ ପ୍ରକ୍ରିୟା ବ୍ୟବହାର କରି ଏକାଧିକ ତୁଳନା ପାଇଁ ଆଡଜଷ୍ଟ କରାଯାଇଥିଲା। NaN ସୂଚାଇଥାଏ ଯେ KO KEGG ରେ ଏକ ପଥ ସହିତ ଜଡିତ ନୁହେଁ। ବୋଲ୍ଡ ମିନ୍ CLR ପାର୍ଥକ୍ୟ ମୂଲ୍ୟଗୁଡ଼ିକ ପ୍ରଚୁରତାରେ ଗୁରୁତ୍ୱପୂର୍ଣ୍ଣ ପାର୍ଥକ୍ୟକୁ ସୂଚିତ କରେ। ତାଲିକାଭୁକ୍ତ KO ଗୁଡିକ କେଉଁ ପଥ ସହିତ ଜଡିତ ସେ ବିଷୟରେ ବିସ୍ତୃତ ସୂଚନା ପାଇଁ, ପରିପୂରକ ସାରଣୀ 3 ଦେଖନ୍ତୁ।
ଆନୋଟେଡ୍ ଜିନ୍ ମଧ୍ୟରେ, 1601 ଜିନ୍ ନମୁନା ପ୍ରକାର ମଧ୍ୟରେ ଯଥେଷ୍ଟ ଭିନ୍ନ ପ୍ରଚୁରତା (p ≤ 0.05) ଥିଲା, ପ୍ରତ୍ୟେକ ଜିନ୍ ଅତି କମରେ 2.7 ଗୁଣ ଅଧିକ ପ୍ରଚୁର ଥିଲା। ଏହି ଜିନ୍ ମଧ୍ୟରୁ, 4 ଜିନ୍ ନିୟନ୍ତ୍ରଣ ନମୁନାରେ ଅଧିକ ପ୍ରଚୁର ଥିଲା ଏବଂ 1597 ଜିନ୍ PPA ନମୁନାରେ ଅଧିକ ପ୍ରଚୁର ଥିଲା। କାରଣ PPA ର ଆଣ୍ଟିମାଇକ୍ରୋବାୟଲ୍ ଗୁଣ ଅଛି, ଆମେ ନମୁନା ପ୍ରକାର ମଧ୍ୟରେ PPA ମେଟାବୋଲିଜିମ୍ ଏବଂ ଉତ୍ପାଦନ ଜିନ୍ ର ପ୍ରଚୁରତା ପରୀକ୍ଷା କରିଥିଲୁ। 1332 PPA ମେଟାବୋଲିଜିମ୍-ସମ୍ବନ୍ଧୀୟ ଜିନ୍ ମଧ୍ୟରୁ, 27 ଜିନ୍ ନିୟନ୍ତ୍ରଣ ନମୁନାରେ ଯଥେଷ୍ଟ ଅଧିକ ପ୍ରଚୁର ଥିଲା ଏବଂ 12 ଜିନ୍ PPA ନମୁନାରେ ଅଧିକ ପ୍ରଚୁର ଥିଲା। 223 PPA ଉତ୍ପାଦନ-ସମ୍ବନ୍ଧୀୟ ଜିନ୍ ମଧ୍ୟରୁ, 1 ଜିନ୍ PPA ନମୁନାରେ ଯଥେଷ୍ଟ ଅଧିକ ପ୍ରଚୁର ଥିଲା। ଚିତ୍ର 6A ଆହୁରି PPA ମେଟାବୋଲିଜିମ୍ ରେ ଜଡିତ ଜିନ୍ ର ଅଧିକ ପ୍ରଚୁରତା ପ୍ରଦର୍ଶନ କରେ, ନିୟନ୍ତ୍ରଣ ନମୁନାରେ ଯଥେଷ୍ଟ ଅଧିକ ପ୍ରଚୁରତା ଏବଂ ବଡ଼ ପ୍ରଭାବ ଆକାର ସହିତ, ଯେତେବେଳେ ଚିତ୍ର 6B PPA ନମୁନାରେ ଯଥେଷ୍ଟ ଅଧିକ ପ୍ରଚୁରତା ସହିତ ବ୍ୟକ୍ତିଗତ ଜିନ୍ କୁ ହାଇଲାଇଟ୍ କରେ।
ଚିତ୍ର 6. ମୂଷା ଅନ୍ତନଳୀ ମାଇକ୍ରୋବାୟୋମରେ PPA-ସମ୍ବନ୍ଧିତ ଜିନ୍‌ର ଭିନ୍ନ ପ୍ରଚୁରତା। ଜ୍ୱାଳାମୁଖୀ ପ୍ଲଟ୍‌ଗୁଡ଼ିକ PPA ମେଟାବୋଲିଜିମ୍ (A) ଏବଂ PPA ଉତ୍ପାଦନ (B) ସହିତ ଜଡିତ ଜିନ୍‌ର ପ୍ରଚୁରତାରେ ପାର୍ଥକ୍ୟକୁ ଦର୍ଶାଏ। ଧୂସର ବିନ୍ଦୁଗୁଡ଼ିକ ଏପରି ଜିନ୍‌କୁ ସୂଚିତ କରେ ଯାହାର ପ୍ରଚୁରତା ନମୁନା ପ୍ରକାର (p-ମୂଲ୍ୟ > 0.05) ମଧ୍ୟରେ ଯଥେଷ୍ଟ ଭିନ୍ନ ନଥିଲା। ରଙ୍ଗୀନ ବିନ୍ଦୁଗୁଡ଼ିକ ପ୍ରଚୁରତାରେ ଗୁରୁତ୍ୱପୂର୍ଣ୍ଣ ପାର୍ଥକ୍ୟକୁ ସୂଚିତ କରେ (p-ମୂଲ୍ୟ ≤ 0.05)। ପ୍ରଚୁରତାରେ ସର୍ବାଧିକ ପାର୍ଥକ୍ୟ ସହିତ 20 ଜିନ୍‌କୁ ଯଥାକ୍ରମେ ଲାଲ ଏବଂ ହାଲୁକା ନୀଳ (ନିୟନ୍ତ୍ରଣ ଏବଂ PPA ନମୁନା) ରଙ୍ଗରେ ଦର୍ଶାଯାଇଛି। ହଳଦିଆ ଏବଂ ବାଇଗଣୀ ବିନ୍ଦୁଗୁଡ଼ିକର ପ୍ରଚୁରତା ନିୟନ୍ତ୍ରଣ ନମୁନା ତୁଳନାରେ ନିୟନ୍ତ୍ରଣ ଏବଂ PPA ନମୁନାରେ ଅତି କମରେ 2.7 ଗୁଣ ଅଧିକ ଥିଲା। କଳା ବିନ୍ଦୁଗୁଡ଼ିକ -1 ଏବଂ 1 ମଧ୍ୟରେ ହାରାହାରି CLR ପାର୍ଥକ୍ୟ ସହିତ ଯଥେଷ୍ଟ ଭିନ୍ନ ପ୍ରଚୁରତା ସହିତ ଜିନ୍‌କୁ ପ୍ରତିନିଧିତ୍ୱ କରେ। P ମୂଲ୍ୟଗୁଡ଼ିକୁ ମାନ-ହ୍ୱିଟନି U ପରୀକ୍ଷା ବ୍ୟବହାର କରି ଗଣନା କରାଯାଇଥିଲା ଏବଂ ବେଞ୍ଜାମିନି-ହୋଚବର୍ଗ ପ୍ରକ୍ରିୟା ବ୍ୟବହାର କରି ଏକାଧିକ ତୁଳନା ପାଇଁ ସଂଶୋଧନ କରାଯାଇଥିଲା। ଅଣ-ଅନାବଶ୍ୟକ ଜିନ୍ କ୍ୟାଟାଲଗ୍‌ରେ ପ୍ରତିନିଧି ଜିନ୍‌ ସହିତ ଜଡିତ ଜିନ୍‌ଗୁଡ଼ିକ ଅନୁରୂପ। ଜିନ୍‌ ନାମଗୁଡ଼ିକ KO ଜିନ୍‌କୁ ସୂଚିତ କରୁଥିବା KEGG ପ୍ରତୀକ ଧାରଣ କରିଥାଏ। ବୋଲ୍ଡ ମିନ୍ CLR ପାର୍ଥକ୍ୟ ଯଥେଷ୍ଟ ଭିନ୍ନ ପ୍ରଚୁରତାକୁ ସୂଚିତ କରେ। ଏକ ଡ୍ୟାସ୍ (-) ସୂଚାଇଥାଏ ଯେ KEGG ଡାଟାବେସ୍‌ରେ ଜିନ୍ ପାଇଁ କୌଣସି ପ୍ରତୀକ ନାହିଁ।
ପିପିଏ ମେଟାବୋଲିଜିମ୍ ଏବଂ/କିମ୍ବା ଉତ୍ପାଦନ ସହିତ ଜଡିତ ଜିନ୍ ସହିତ ଟ୍ୟାକ୍ସା ଚିହ୍ନଟ କରାଯାଇଥିଲା ଯାହା କଣ୍ଟିଗ୍‌ଗୁଡ଼ିକର ଟ୍ୟାକ୍ସୋନୋମିକ୍ ପରିଚୟକୁ ଜିନ୍‌ର କଣ୍ଟିଗ୍ ID ସହିତ ମେଳ କରି ଚିହ୍ନଟ କରାଯାଇଥିଲା। ଜେନେସ୍ ସ୍ତରରେ, ୧୩୦ ଜେନେରାରେ ପିପିଏ ମେଟାବୋଲିଜିମ୍ ସହିତ ଜଡିତ ଜିନ୍ ଥିବା ଏବଂ ୬୧ ଜେନେରାରେ ପିପିଏ ଉତ୍ପାଦନ ସହିତ ଜଡିତ ଜିନ୍ ଥିବା ଜଣାପଡିଥିଲା ​​(ପରିପୂରକ ସାରଣୀ ୪)। ତଥାପି, କୌଣସି ଜେନେରା ପ୍ରଚୁରତାରେ ଗୁରୁତ୍ୱପୂର୍ଣ୍ଣ ପାର୍ଥକ୍ୟ ଦେଖାଇ ନଥିଲା (p > ୦.୦୫)।
ପ୍ରଜାତି ସ୍ତରରେ, 144ଟି ଜୀବାଣୁ ପ୍ରଜାତିରେ PPA ମେଟାବୋଲିଜିମ୍ ସହିତ ଜଡିତ ଜିନ୍ ଥିବା ଏବଂ 68ଟି ଜୀବାଣୁ ପ୍ରଜାତିରେ PPA ଉତ୍ପାଦନ ସହିତ ଜଡିତ ଜିନ୍ ଥିବା ଦେଖାଗଲା (ପରିପୂରକ ସାରଣୀ 5)। PPA ମେଟାବୋଲାଇଜରମାନଙ୍କ ମଧ୍ୟରେ, ଆଠଟି ଜୀବାଣୁ ନମୁନା ପ୍ରକାର ମଧ୍ୟରେ ପ୍ରଚୁର ପରିମାଣରେ ଉଲ୍ଲେଖନୀୟ ବୃଦ୍ଧି ଦେଖାଇଥିଲେ, ଏବଂ ସମସ୍ତ ପ୍ରଭାବରେ ଗୁରୁତ୍ୱପୂର୍ଣ୍ଣ ପରିବର୍ତ୍ତନ ଦେଖାଇଥିଲେ (ପରିପୂରକ ସାରଣୀ 6)। ପ୍ରଚୁର ପରିମାଣରେ ପାର୍ଥକ୍ୟ ଥିବା ସମସ୍ତ ଚିହ୍ନଟ ହୋଇଥିବା PPA ମେଟାବୋଲାଇଜରଗୁଡ଼ିକ PPA ନମୁନାରେ ଅଧିକ ପ୍ରଚୁର ଥିଲେ। ପ୍ରଜାତି-ସ୍ତରୀୟ ବର୍ଗୀକରଣରୁ ଏପରି ଜେନେରାର ପ୍ରତିନିଧି ପ୍ରକାଶ ପାଇଲା ଯେଉଁମାନେ ନମୁନା ପ୍ରକାର ମଧ୍ୟରେ ଯଥେଷ୍ଟ ପାର୍ଥକ୍ୟ ନଥିଲେ, ଯେଉଁଥିରେ ଅନେକ ବାକ୍ଟେରୋଏଡ୍ସ ଏବଂ ରୁମିନୋକୋକସ୍ ପ୍ରଜାତି, ଏବଂ ଡଙ୍କାନିଆ ଡୁବୋଇସ୍, ମାଇକ୍ସୋବ୍ୟାକ୍ଟେରିଅମ୍ ଏଣ୍ଟେରିକା, ମୋନୋକୋକସ୍ ପେକ୍ଟିନୋଲାଇଟିକସ୍ ଏବଂ ଆଲକାଲିଜେନ୍ସ ପଲିମୋର୍ଫା ଅନ୍ତର୍ଭୁକ୍ତ। PPA-ଉତ୍ପାଦକ ଜୀବାଣୁ ମଧ୍ୟରେ, ଚାରୋଟି ଜୀବାଣୁ ନମୁନା ପ୍ରକାର ମଧ୍ୟରେ ପ୍ରଚୁର ପରିମାଣରେ ଉଲ୍ଲେଖନୀୟ ପାର୍ଥକ୍ୟ ଦେଖାଇଲେ। ପ୍ରଚୁର ପରିମାଣରେ ପାର୍ଥକ୍ୟ ଥିବା ପ୍ରଜାତିରେ ବାକ୍ଟେରୋଏଡ୍ସ ନୋଭୋରୋସି, ଡଙ୍କାନିଆ ଡୁବୋଇସ୍, ମାଇକ୍ସୋବ୍ୟାକ୍ଟେରିଅମ୍ ଏଣ୍ଟେରାଇଟ୍ଡିସ୍ ଏବଂ ରୁମିନୋକୋକସ୍ ବୋଭିସ୍ ଅନ୍ତର୍ଭୁକ୍ତ।
ଏହି ଅଧ୍ୟୟନରେ, ଆମେ ମୂଷାର ଅନ୍ତନଳୀ ମାଇକ୍ରୋବାୟୋଟା ଉପରେ PPA ଏକ୍ସପୋଜରର ପ୍ରଭାବ ପରୀକ୍ଷା କରିଛୁ। PPA ଜୀବାଣୁରେ ବିଭିନ୍ନ ପ୍ରତିକ୍ରିୟା ସୃଷ୍ଟି କରିପାରେ କାରଣ ଏହା କିଛି ପ୍ରଜାତି ଦ୍ୱାରା ଉତ୍ପାଦିତ ହୁଏ, ଅନ୍ୟ ପ୍ରଜାତି ଦ୍ୱାରା ଖାଦ୍ୟ ଉତ୍ସ ଭାବରେ ବ୍ୟବହୃତ ହୁଏ, କିମ୍ବା ଏହାର ଆଣ୍ଟିମାଇକ୍ରୋବାୟଲ୍ ପ୍ରଭାବ ଥାଏ। ତେଣୁ, ଖାଦ୍ୟ ପରିପୂରକ ମାଧ୍ୟମରେ ଅନ୍ତନଳୀ ପରିବେଶରେ ଏହାର ଯୋଗ ସହନଶୀଳତା, ସମ୍ବେଦନଶୀଳତା ଏବଂ ଏହାକୁ ପୁଷ୍ଟିକର ଉତ୍ସ ଭାବରେ ବ୍ୟବହାର କରିବାର କ୍ଷମତା ଉପରେ ନିର୍ଭର କରି ଭିନ୍ନ ପ୍ରଭାବ ପକାଇପାରେ। ସମ୍ବେଦନଶୀଳ ଜୀବାଣୁ ପ୍ରଜାତିଗୁଡ଼ିକୁ PPA ପ୍ରତି ଅଧିକ ପ୍ରତିରୋଧୀ କିମ୍ବା ଏହାକୁ ଖାଦ୍ୟ ଉତ୍ସ ଭାବରେ ବ୍ୟବହାର କରିବାକୁ ସକ୍ଷମ ଥିବା ପ୍ରଜାତି ଦ୍ୱାରା ଦୂର କରାଯାଇପାରେ ଏବଂ ପ୍ରତିସ୍ଥାପିତ ହୋଇପାରେ, ଯାହା ଫଳରେ ଅନ୍ତନଳୀ ମାଇକ୍ରୋବାୟୋଟାର ଗଠନରେ ପରିବର୍ତ୍ତନ ଆସିପାରେ। ଆମର ଫଳାଫଳଗୁଡ଼ିକ ଅଣୁଜୀବ ରଚନାରେ ଗୁରୁତ୍ୱପୂର୍ଣ୍ଣ ପାର୍ଥକ୍ୟ ପ୍ରକାଶ କରିଛି କିନ୍ତୁ ସାମଗ୍ରିକ ଅଣୁଜୀବ ବିବିଧତା ଉପରେ କୌଣସି ପ୍ରଭାବ ପକାଇନାହିଁ। ପ୍ରଜାତି ସ୍ତରରେ ସର୍ବାଧିକ ପ୍ରଭାବ ପରିଲକ୍ଷିତ ହୋଇଥିଲା, PPA ଏବଂ ନିୟନ୍ତ୍ରଣ ନମୁନା ମଧ୍ୟରେ 70 ରୁ ଅଧିକ ଟ୍ୟାକ୍ସା ପ୍ରଚୁର ପରିମାଣରେ ଯଥେଷ୍ଟ ଭିନ୍ନ (ପରିପୂରକ ସାରଣୀ 2)। PPA-ଉଦ୍ଘାଟିତ ନମୁନାଗୁଡ଼ିକର ଗଠନର ଅଧିକ ମୂଲ୍ୟାଙ୍କନ ଅଣୁଜୀବ ପ୍ରଜାତିଗୁଡ଼ିକର ଅଧିକ ବିଷମତା ପ୍ରକାଶ କରିଥିଲା, ଯାହା ସୂଚାଇ ଦେଉଛି ଯେ PPA ଜୀବାଣୁ ବୃଦ୍ଧି ବୈଶିଷ୍ଟ୍ୟକୁ ବୃଦ୍ଧି କରିପାରେ ଏବଂ PPA-ସମୃଦ୍ଧ ପରିବେଶରେ ବଞ୍ଚି ରହିପାରୁଥିବା ଜୀବାଣୁ ଜନସଂଖ୍ୟାକୁ ସୀମିତ କରିପାରେ। ତେଣୁ, PPA ଅନ୍ତନଳୀ ମାଇକ୍ରୋବାୟୋଟା ବିବିଧତାର ବ୍ୟାପକ ବ୍ୟାଘାତ ସୃଷ୍ଟି କରିବା ପରିବର୍ତ୍ତେ ଚୟନମୂଳକ ଭାବରେ ପରିବର୍ତ୍ତନ ଆଣିପାରେ।
PPA ଭଳି ଖାଦ୍ୟ ସଂରକ୍ଷଣକାରୀ ପୂର୍ବରୁ ସାମଗ୍ରିକ ବିବିଧତାକୁ ପ୍ରଭାବିତ ନକରି ଅନ୍ତନଳୀ ମାଇକ୍ରୋବାୟୋମ୍ ଉପାଦାନର ପ୍ରଚୁରତାକୁ ପରିବର୍ତ୍ତନ କରୁଥିବା ଦେଖାଯାଇଛି (ନାଗପାଲ ଏଟ୍ ଅଲ୍., 2021)। ଏଠାରେ, ଆମେ ଫାଇଲମ୍ ବାକ୍ଟେରୋଏଡେଟ୍ସ (ପୂର୍ବରୁ ବାକ୍ଟେରୋଏଡେଟ୍ସ ଭାବରେ ଜଣାଶୁଣା) ମଧ୍ୟରେ ବାକ୍ଟେରୋଏଡେଟ୍ସ ପ୍ରଜାତି ମଧ୍ୟରେ ସବୁଠାରୁ ଆକର୍ଷଣୀୟ ପାର୍ଥକ୍ୟ ଦେଖିଲୁ, ଯାହା PPA-ସଂସ୍ପର୍ଶିତ ମୂଷାରେ ଯଥେଷ୍ଟ ପରିମାଣରେ ସମୃଦ୍ଧ ହୋଇଥିଲା। ବାକ୍ଟେରୋଏଡ୍ସ ପ୍ରଜାତିଗୁଡ଼ିକର ବୃଦ୍ଧି ମ୍ୟୁକସ୍ ଅବକ୍ଷୟ ସହିତ ଜଡିତ, ଯାହା ସଂକ୍ରମଣର ବିପଦ ବୃଦ୍ଧି କରିପାରେ ଏବଂ ପ୍ରଦାହକୁ ପ୍ରୋତ୍ସାହିତ କରିପାରେ (କର୍ଣ୍ଣିକ ଏଟ୍ ଅଲ୍., 2015; ଦେଶାଇ ଏଟ୍ ଅଲ୍., 2016; ପେଞ୍ଜୋଲ୍ ଏଟ୍ ଅଲ୍., 2019)। ଏକ ଅଧ୍ୟୟନରୁ ଜଣାପଡିଛି ଯେ ବାକ୍ଟେରୋଏଡ୍ସ ଫ୍ରାଜିଲିସ୍ ସହିତ ଚିକିତ୍ସା କରାଯାଇଥିବା ନବଜାତ ପୁରୁଷ ମୂଷାମାନେ ଅଟିଜିମ୍ ସ୍ପେକ୍ଟ୍ରମ୍ ଡିସଅର୍ଡର (ASD) (କାରମେଲ୍ ଏଟ୍ ଅଲ୍., 2023) ସଦୃଶ ସାମାଜିକ ଆଚରଣ ପ୍ରଦର୍ଶନ କରିଥିଲେ, ଏବଂ ଅନ୍ୟ ଅଧ୍ୟୟନରୁ ଜଣାପଡିଛି ଯେ ବାକ୍ଟେରୋଏଡ୍ସ ପ୍ରଜାତି ପ୍ରତିରକ୍ଷା କାର୍ଯ୍ୟକଳାପକୁ ପରିବର୍ତ୍ତନ କରିପାରେ ଏବଂ ଅଟୋଇମ୍ ପ୍ରଦାହକାରୀ କାର୍ଡିଓମାୟୋପାଥି (ଗିଲ୍-କ୍ରୁଜ୍ ଏଟ୍ ଅଲ୍., 2019) ଆଡ଼କୁ ନେଇପାରେ। ପିପିଏ ସଂସ୍ପର୍ଶରେ ଆସିଥିବା ମୂଷାମାନଙ୍କ ମଧ୍ୟରେ ରୁମିନୋକୋକସ୍, ପ୍ରିଭୋଟେଲା ଏବଂ ପାରାବାକ୍ଟେରୋଏଡ୍ସ ଜେନେରାର ପ୍ରଜାତି ମଧ୍ୟ ଯଥେଷ୍ଟ ବୃଦ୍ଧି ପାଇଥିଲା (କୋରେଟି ଏଟ୍ ଅଲ୍., 2018)। କିଛି ରୁମିନୋକୋକସ୍ ପ୍ରଜାତି ପ୍ରୋଇନଫ୍ଲାମେଟ୍ରୀ ସାଇଟୋକାଇନ୍ସ ଉତ୍ପାଦନ ମାଧ୍ୟମରେ କ୍ରୋନ୍ସ ରୋଗ ଭଳି ରୋଗ ସହିତ ଜଡିତ, ଯେତେବେଳେ ପ୍ରିଭୋଟେଲା ହ୍ୟୁମାନି ପରି ପ୍ରଜାତି ଉଚ୍ଚ ରକ୍ତଚାପ ଏବଂ ଇନସୁଲିନ୍ ସମ୍ବେଦନଶୀଳତା ଭଳି ମେଟାବୋଲିକ୍ ରୋଗ ସହିତ ଜଡିତ (ପେଡରସେନ୍ ଏଟ୍ ଅଲ୍., 2016; ଲି ଏଟ୍ ଅଲ୍., 2017)। ଶେଷରେ, ଆମେ ଦେଖିଲୁ ଯେ ବ୍ୟାକ୍ଟେରୋଏଡେଟ୍ସ ପ୍ରଜାତିଗୁଡ଼ିକର ମୋଟ ପ୍ରଚୁରତା ହେତୁ ନିୟନ୍ତ୍ରଣ ମୂଷାମାନଙ୍କ ତୁଳନାରେ ବାକ୍ଟେରୋଏଡେଟ୍ସ (ପୂର୍ବରୁ ଫର୍ମିକ୍ୟୁଟ୍ସ ଭାବରେ ଜଣାଶୁଣା) ଏବଂ ବାକ୍ଟେରୋଏଡେଟ୍ସର ଅନୁପାତ ଯଥେଷ୍ଟ କମ୍ ଥିଲା। ଏହି ଅନୁପାତ ପୂର୍ବରୁ ଅନ୍ତନଳୀ ହୋମିଓଷ୍ଟାସିସ୍ ର ଏକ ଗୁରୁତ୍ୱପୂର୍ଣ୍ଣ ସୂଚକ ଭାବରେ ଦେଖାଯାଇଛି, ଏବଂ ଏହି ଅନୁପାତରେ ବିଭ୍ରାଟ ବିଭିନ୍ନ ରୋଗ ଅବସ୍ଥା ସହିତ ଜଡିତ ହୋଇଛି (ଟର୍ପିନ୍ ଏଟ୍ ଅଲ୍., 2016; ଟାକେଜାୱା ଏଟ୍ ଅଲ୍., 2021; ଆନ୍ ଏଟ୍ ଅଲ୍., 2023), ଯେଉଁଥିରେ ପ୍ରଦାହଜନକ ଅନ୍ତନଳୀ ରୋଗ (ଷ୍ଟୋଜାନୋଭ୍ ଏଟ୍ ଅଲ୍., 2020) ଅନ୍ତର୍ଭୁକ୍ତ। ସାମୂହିକ ଭାବରେ, ଫାଇଲମ୍ ବାକ୍ଟେରୋଏଡେଟ୍ସର ପ୍ରଜାତିଗୁଡ଼ିକ ଉଚ୍ଚ ଖାଦ୍ୟଗତ PPA ଦ୍ୱାରା ସର୍ବାଧିକ ପ୍ରଭାବିତ ହୋଇଥିବା ଦେଖାଯାଏ। ଏହା PPA ପ୍ରତି ଅଧିକ ସହନଶୀଳତା କିମ୍ବା PPAକୁ ଶକ୍ତି ଉତ୍ସ ଭାବରେ ବ୍ୟବହାର କରିବାର କ୍ଷମତା ହେତୁ ହୋଇପାରେ, ଯାହା ଅତି କମରେ ଗୋଟିଏ ପ୍ରଜାତି, ହୋଏଲସେଲା ଏନୋସିଆ (ହିଚ୍ ଏଟ୍ ଅଲ୍., 2022) ପାଇଁ ସତ୍ୟ ବୋଲି ଦର୍ଶାଯାଇଛି। ବିକଳ୍ପ ଭାବରେ, ମାତୃ PPA ସଂସ୍ପର୍ଶ ମୂଷା ସନ୍ତାନର ଅନ୍ତନଳୀକୁ ବାକ୍ଟେରୋଏଡେଟ୍ସ ଉପନିବେଶ ପାଇଁ ଅଧିକ ସମ୍ବେଦନଶୀଳ କରି ଭ୍ରୁଣର ବିକାଶକୁ ବୃଦ୍ଧି କରିପାରେ; ତଥାପି, ଆମର ଅଧ୍ୟୟନ ଡିଜାଇନ୍ ଏପରି ମୂଲ୍ୟାଙ୍କନକୁ ଅନୁମତି ଦେଇନଥିଲା।
ମେଟାଜେନୋମିକ୍ ବିଷୟବସ୍ତୁ ମୂଲ୍ୟାଙ୍କନ PPA ମେଟାବୋଲିଜିମ୍ ଏବଂ ଉତ୍ପାଦନ ସହିତ ଜଡିତ ଜିନ୍ ର ପ୍ରଚୁରତାରେ ଗୁରୁତ୍ୱପୂର୍ଣ୍ଣ ପାର୍ଥକ୍ୟ ପ୍ରକାଶ କରିଥିଲା, PPA-ଉଦ୍ଘାଟିତ ମୂଷା PPA ଉତ୍ପାଦନ ପାଇଁ ଦାୟୀ ଜିନ୍ ର ଅଧିକ ପ୍ରଚୁରତା ପ୍ରଦର୍ଶନ କରିଥିଲେ, ଯେତେବେଳେ ଅଣ-PPA-ଉଦ୍ଘାଟିତ ମୂଷା PAA ମେଟାବୋଲିଜିମ୍ ପାଇଁ ଦାୟୀ ଜିନ୍ ର ଅଧିକ ପ୍ରଚୁରତା ପ୍ରଦର୍ଶନ କରିଥିଲେ (ଚିତ୍ର 6)। ଏହି ଫଳାଫଳଗୁଡ଼ିକ ସୂଚାଇ ଦିଏ ଯେ ମାଇକ୍ରୋବାୟଲ୍ ରଚନା ଉପରେ PPA ର ପ୍ରଭାବ କେବଳ ଏହାର ବ୍ୟବହାର ଯୋଗୁଁ ହୋଇନପାରେ, ଅନ୍ୟଥା PPA ମେଟାବୋଲିଜିମ୍ ସହିତ ଜଡିତ ଜିନ୍ ର ପ୍ରଚୁରତା PPA-ଉଦ୍ଘାଟିତ ମୂଷାର ଅନ୍ତନଳୀ ମାଇକ୍ରୋବାୟୋମରେ ଅଧିକ ପ୍ରଚୁରତା ଦେଖାଇବା ଉଚିତ ଥିଲା। ଏକ ବ୍ୟାଖ୍ୟା ହେଉଛି ଯେ PPA ମୁଖ୍ୟତଃ ଜୀବାଣୁ ପ୍ରଚୁରତାକୁ ଏହାର ଆଣ୍ଟିମାଇକ୍ରୋବାୟମ୍ ପ୍ରଭାବ ମାଧ୍ୟମରେ ମଧ୍ୟସ୍ଥତା କରେ ଯାହା ପୋଷକ ତତ୍ତ୍ୱ ଭାବରେ ବ୍ୟାକ୍ଟେରିଆ ଦ୍ୱାରା ବ୍ୟବହାର କରିବା ପରିବର୍ତ୍ତେ। ପୂର୍ବ ଅଧ୍ୟୟନଗୁଡ଼ିକ ଦର୍ଶାଇଛି ଯେ PPA ସାଲମୋନେଲା ଟାଇଫିମୁରିୟମ୍ ର ବୃଦ୍ଧିକୁ ଡୋଜ୍-ନିର୍ଭରଶୀଳ ଭାବରେ ବାଧା ଦିଏ (ଜ୍ୟାକବସନ୍ ଏଟ୍ ଅଲ୍, 2018)। PPA ର ଅଧିକ ସାନ୍ଦ୍ରତା ସହିତ ସଂସ୍ପର୍ଶରେ ଏପରି ଜୀବାଣୁ ଆସିପାରେ ଯାହା ଏହାର ଆଣ୍ଟିମାଇକ୍ରୋବାୟଲ୍ ଗୁଣ ପ୍ରତି ପ୍ରତିରୋଧୀ ଏବଂ ଏହାକୁ ମେଟାବୋଲିଜିମ୍ କିମ୍ବା ଉତ୍ପାଦନ କରିବାକୁ ସକ୍ଷମ ନୁହେଁ। ଉଦାହରଣ ସ୍ୱରୂପ, ଅନେକ ପାରାବାକ୍ଟେରୋଏଡ୍ ପ୍ରଜାତି PPA ନମୁନାରେ ଯଥେଷ୍ଟ ଅଧିକ ପ୍ରଚୁରତା ଦେଖାଇଥିଲେ, କିନ୍ତୁ PPA ମେଟାବୋଲିଜିମ୍ କିମ୍ବା ଉତ୍ପାଦନ ସହିତ ଜଡିତ କୌଣସି ଜିନ୍ ଚିହ୍ନଟ ହୋଇନଥିଲା (ପରିପୂରକ ସାରଣୀ 2, 4, ଏବଂ 5)। ଏହା ବ୍ୟତୀତ, ଏକ କିଣ୍ମନ ଉପ-ଉତ୍ପାଦ ଭାବରେ PPA ଉତ୍ପାଦନ ବିଭିନ୍ନ ଜୀବାଣୁ ମଧ୍ୟରେ ବ୍ୟାପକ ଭାବରେ ବଣ୍ଟନ କରାଯାଏ (Gonzalez-Garcia et al., 2017)। ନିୟନ୍ତ୍ରଣ ନମୁନାରେ PPA ମେଟାବୋଲିଜିମ୍ ସହିତ ଜଡିତ ଜିନ୍ ଅଧିକ ପ୍ରଚୁରତାର କାରଣ ଉଚ୍ଚ ଜୀବାଣୁ ବିବିଧତା ହୋଇପାରେ (Averina et al., 2020)। ଏହା ବ୍ୟତୀତ, 1332 ଜିନ୍ ମଧ୍ୟରୁ କେବଳ 27 (2.14%) କେବଳ PPA ମେଟାବୋଲିଜିମ୍ ସହିତ ଜଡିତ ଜିନ୍ ବୋଲି ପୂର୍ବାନୁମାନ କରାଯାଇଥିଲା। PPA ମେଟାବୋଲିଜିମ୍ ସହିତ ଜଡିତ ଅନେକ ଜିନ୍ ଅନ୍ୟ ମେଟାବୋଲିକ୍ ପଥଗୁଡ଼ିକରେ ମଧ୍ୟ ଜଡିତ। ଏହା ଆହୁରି ଦର୍ଶାଏ ଯେ PPA ମେଟାବୋଲିଜିମ୍ ସହିତ ଜଡିତ ଜିନ୍ ର ପ୍ରଚୁରତା ନିୟନ୍ତ୍ରଣ ନମୁନାରେ ଅଧିକ ଥିଲା; ଏହି ଜିନ୍ ଏପରି ପଥଗୁଡ଼ିକରେ କାର୍ଯ୍ୟ କରିପାରେ ଯାହା PPA ବ୍ୟବହାର କିମ୍ବା ଉପ-ଉତ୍ପାଦ ଭାବରେ ଗଠନ କରେ ନାହିଁ। ଏହି କ୍ଷେତ୍ରରେ, PPA ଜେନେରେସନ୍ ସହିତ ଜଡିତ କେବଳ ଗୋଟିଏ ଜିନ୍ ନମୁନା ପ୍ରକାର ମଧ୍ୟରେ ପ୍ରଚୁରତାରେ ଗୁରୁତ୍ୱପୂର୍ଣ୍ଣ ପାର୍ଥକ୍ୟ ଦେଖାଇଥିଲା। PPA ମେଟାବୋଲିଜିମ୍ ସହିତ ଜଡିତ ଜିନ୍ ବିପରୀତ, PPA ଉତ୍ପାଦନ ପାଇଁ ମାର୍କର ଜିନ୍ ଚୟନ କରାଯାଇଥିଲା କାରଣ ସେମାନେ PPA ଉତ୍ପାଦନ ପାଇଁ ଜୀବାଣୁ ପଥ ସହିତ ସିଧାସଳଖ ଜଡିତ। PPA-ଉଦ୍ଭାସିତ ମୂଷାରେ, ସମସ୍ତ ପ୍ରଜାତିରେ PPA ଉତ୍ପାଦନ କରିବାର କ୍ଷମତା ଯଥେଷ୍ଟ ବୃଦ୍ଧି ପାଇଥିବା ଦେଖାଯାଇଥିଲା। ଏହା PPA PPA ଉତ୍ପାଦକମାନଙ୍କୁ ଚୟନ କରିବ ବୋଲି ପୂର୍ବାନୁମାନକୁ ସମର୍ଥନ କରେ ଏବଂ ତେଣୁ PPA ଉତ୍ପାଦନ କ୍ଷମତା ବୃଦ୍ଧି ପାଇବ ବୋଲି ପୂର୍ବାନୁମାନ କରେ। ତଥାପି, ଜିନ୍ ପ୍ରଚୁରତା ଜିନ୍ ପ୍ରକାଶନ ସହିତ ଜଡିତ ନୁହେଁ; ତେଣୁ, ଯଦିଓ PPA ମେଟାବୋଲିଜିମ୍ ସହିତ ଜଡିତ ଜିନ୍ ର ପ୍ରଚୁରତା ନିୟନ୍ତ୍ରଣ ନମୁନାରେ ଅଧିକ ଥାଏ, ପ୍ରକାଶନ ହାର ଭିନ୍ନ ହୋଇପାରେ (ଶି ଏଟ୍ ଅଲ୍., 2014)। PPA-ଉତ୍ପାଦନକାରୀ ଜିନ୍ ଏବଂ PPA ଉତ୍ପାଦନ ମଧ୍ୟରେ ସମ୍ପର୍କ ନିଶ୍ଚିତ କରିବା ପାଇଁ, PPA ଉତ୍ପାଦନରେ ଜଡିତ ଜିନ୍ ର ପ୍ରକାଶନର ଅଧ୍ୟୟନ ଆବଶ୍ୟକ।
PPA ଏବଂ ନିୟନ୍ତ୍ରଣ ମେଟାଜେନୋମର କାର୍ଯ୍ୟକ୍ଷମ ଆନୋଟେସନ୍ କିଛି ପାର୍ଥକ୍ୟ ପ୍ରକାଶ କରିଥିଲା। ଜିନ୍ ବିଷୟବସ୍ତୁର PCA ବିଶ୍ଳେଷଣ PPA ଏବଂ ନିୟନ୍ତ୍ରଣ ନମୁନା ମଧ୍ୟରେ ପୃଥକ କ୍ଲଷ୍ଟର ପ୍ରକାଶ କରିଥିଲା ​​(ଚିତ୍ର 5)। ନମୁନା ଭିତର କ୍ଲଷ୍ଟରିଂ ପ୍ରକାଶ କରିଥିଲା ​​ଯେ ନିୟନ୍ତ୍ରଣ ଜିନ୍ ବିଷୟବସ୍ତୁ ଅଧିକ ବିବିଧ ଥିଲା, ଯେତେବେଳେ PPA ନମୁନାଗୁଡ଼ିକ ଏକାଠି କ୍ଲଷ୍ଟର ହୋଇଥିଲା। ଜିନ୍ ବିଷୟବସ୍ତୁ ଅନୁସାରେ କ୍ଲଷ୍ଟରିଂ ପ୍ରଜାତି ଗଠନ ଦ୍ୱାରା କ୍ଲଷ୍ଟରିଂ ସହିତ ତୁଳନୀୟ ଥିଲା। ତେଣୁ, ପଥ ପ୍ରଚୁରତାରେ ପାର୍ଥକ୍ୟ ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟ ପ୍ରଜାତି ଏବଂ ସେମାନଙ୍କ ମଧ୍ୟରେ ଥିବା ପ୍ରଜାତିର ପ୍ରଚୁରତାରେ ପରିବର୍ତ୍ତନ ସହିତ ସୁସଙ୍ଗତ। PPA ନମୁନାରେ, ଉଲ୍ଲେଖନୀୟ ଭାବରେ ଅଧିକ ପ୍ରଚୁରତା ସହିତ ଦୁଇଟି ପଥ ଆମିନୋସୁଗାର/ନ୍ୟୁକ୍ଲିଓଟାଇଡ୍ ଚିନି ବିପାକ (ko:K21279) ଏବଂ ବହୁବିଧ ଲିପିଡ୍ ମେଟାବୋଲିଜିମ୍ ପଥ (ko:K00647, ko:K03801; ପରିପୂରକ ସାରଣୀ 3) ସହିତ ଜଡିତ ଥିଲା। ko:K21279 ସହିତ ଜଡିତ ଜିନ୍ ବ୍ୟାକ୍ଟେରୋଇଡ୍ସ ପ୍ରଜାତି ସହିତ ଜଡିତ ବୋଲି ଜଣାଯାଏ, ଯାହା PPA ନମୁନାରେ ପ୍ରଜାତିଗୁଡ଼ିକର ଏକ ଉଲ୍ଲେଖନୀୟ ଭାବରେ ଅଧିକ ସଂଖ୍ୟକ ଅଛି। ଏହି ଏନଜାଇମ୍ କ୍ୟାପସୁଲାର ପଲିସାକାରାଇଡ୍ ପ୍ରକାଶ କରି ପ୍ରତିରକ୍ଷା ପ୍ରତିକ୍ରିୟାକୁ ଏଡାଇ ପାରିବ (ୱାଙ୍ଗ ଏଟ୍ ଅଲ୍., 2008)। ଏହା PPA-ଉଦ୍ଭାସିତ ମୂଷାରେ ପରିଲକ୍ଷିତ ବ୍ୟାକ୍ଟେରୋଇଡେଟ୍ସର ବୃଦ୍ଧି ପାଇଁ ଦାୟୀ ହୋଇପାରେ। ଏହା PPA ମାଇକ୍ରୋବାୟୋମରେ ପରିଲକ୍ଷିତ ବର୍ଦ୍ଧିତ ଫ୍ୟାଟି ଏସିଡ୍ ସଂଶ୍ଳେଷଣକୁ ପରିପୂର୍ଣ୍ଣ କରେ। ଜୀବାଣୁ ଫ୍ୟାଟି ଏସିଡ୍ ଉତ୍ପାଦନ କରିବା ପାଇଁ FASIIko:K00647 (fabB) ପଥ ବ୍ୟବହାର କରନ୍ତି, ଯାହା ହୋଷ୍ଟ ମେଟାବୋଲିକ୍ ପଥକୁ ପ୍ରଭାବିତ କରିପାରେ (Yao and Rock, 2015; Johnson et al., 2020), ଏବଂ ଲିପିଡ୍ ମେଟାବୋଲିଜିମ୍‌ରେ ପରିବର୍ତ୍ତନ ନ୍ୟୁରୋଡେଭଲପମେଣ୍ଟରେ ଭୂମିକା ଗ୍ରହଣ କରିପାରେ (Yu et al., 2020)। PPA ନମୁନାରେ ବର୍ଦ୍ଧିତ ପ୍ରଚୁରତା ଦେଖାଇବା ପାଇଁ ଅନ୍ୟ ଏକ ପଥ ଥିଲା ଷ୍ଟେରଏଡ୍ ହରମୋନ୍ ଜୈବସଂଶ୍ଳେଷଣ (ko:K12343)। ଏପରି ବର୍ଦ୍ଧିତ ପ୍ରମାଣ ଅଛି ଯେ ଅନ୍ତନଳୀ ମାଇକ୍ରୋବାୟୋଟାର ହରମୋନ୍ ସ୍ତରକୁ ପ୍ରଭାବିତ କରିବା ଏବଂ ହରମୋନ୍ ଦ୍ୱାରା ପ୍ରଭାବିତ ହେବା କ୍ଷମତା ମଧ୍ୟରେ ଏକ ବିପରୀତ ସମ୍ପର୍କ ଅଛି, ଯେପରିକି ଉଚ୍ଚ ଷ୍ଟେରଏଡ୍ ସ୍ତର ଡାଉନ୍ଷ୍ଟ୍ରିମ୍ ସ୍ୱାସ୍ଥ୍ୟ ପରିଣାମ ଦେଇପାରେ (Tetel et al., 2018)।
ଏହି ଅଧ୍ୟୟନରେ ସୀମାବଦ୍ଧତା ଏବଂ ବିଚାର ନାହିଁ। ଏକ ଗୁରୁତ୍ୱପୂର୍ଣ୍ଣ ପାର୍ଥକ୍ୟ ହେଉଛି ଯେ ଆମେ ପ୍ରାଣୀମାନଙ୍କର ଶାରୀରିକ ମୂଲ୍ୟାଙ୍କନ କରିନାହୁଁ। ତେଣୁ, ମାଇକ୍ରୋବାଇଓମରେ ପରିବର୍ତ୍ତନ କୌଣସି ରୋଗ ସହିତ ଜଡିତ କି ନାହିଁ ତାହା ସିଧାସଳଖ ନିଷ୍କର୍ଷିତ କରିବା ସମ୍ଭବ ନୁହେଁ। ଆଉ ଏକ ବିଚାର ହେଉଛି ଯେ ଏହି ଅଧ୍ୟୟନରେ ମୂଷାମାନଙ୍କୁ ସେମାନଙ୍କ ମା'ମାନଙ୍କ ପରି ସମାନ ଖାଦ୍ୟ ଦିଆଯାଇଥିଲା। ଭବିଷ୍ୟତ ଅଧ୍ୟୟନଗୁଡ଼ିକ PPA-ସମୃଦ୍ଧ ଖାଦ୍ୟରୁ PPA-ମୁକ୍ତ ଖାଦ୍ୟକୁ ପରିବର୍ତ୍ତନ କରିବା ଦ୍ୱାରା ମାଇକ୍ରୋବାଇଓମ ଉପରେ ଏହାର ପ୍ରଭାବ ଉନ୍ନତ ହୁଏ କି ନାହିଁ ତାହା ନିର୍ଣ୍ଣୟ କରିପାରେ। ଅନ୍ୟ ଅନେକଙ୍କ ପରି, ଆମର ଅଧ୍ୟୟନର ଏକ ସୀମା ହେଉଛି ସୀମିତ ନମୁନା ଆକାର। ଯଦିଓ ବୈଧ ନିଷ୍କର୍ଷ ବାହାର କରାଯାଇପାରିବ, ଫଳାଫଳ ବିଶ୍ଳେଷଣ କରିବା ସମୟରେ ଏକ ବଡ଼ ନମୁନା ଆକାର ଅଧିକ ପରିସଂଖ୍ୟାନଗତ ଶକ୍ତି ପ୍ରଦାନ କରିବ। ଆମେ ଅନ୍ତନଳୀ ମାଇକ୍ରୋବାଇଓମରେ ପରିବର୍ତ୍ତନ ଏବଂ ଯେକୌଣସି ରୋଗ ମଧ୍ୟରେ ସମ୍ପର୍କ ବିଷୟରେ ନିଷ୍କର୍ଷ ଆଙ୍କିବା ବିଷୟରେ ମଧ୍ୟ ସତର୍କ ଅଛୁ (ୟାପ୍ ଏଟ୍ ଅଲ୍., 2021)। ବୟସ, ଲିଙ୍ଗ ଏବଂ ଖାଦ୍ୟ ସମେତ ବିଭ୍ରାନ୍ତିକର କାରଣଗୁଡ଼ିକ ଅଣୁଜୀବମାନଙ୍କର ଗଠନକୁ ଗୁରୁତ୍ୱପୂର୍ଣ୍ଣ ଭାବରେ ପ୍ରଭାବିତ କରିପାରେ। ଏହି କାରଣଗୁଡ଼ିକ ଜଟିଳ ରୋଗ ସହିତ ଅନ୍ତନଳୀ ମାଇକ୍ରୋବାଇଓମର ସମ୍ପର୍କ ବିଷୟରେ ସାହିତ୍ୟରେ ପରିଲକ୍ଷିତ ଅସଙ୍ଗତିକୁ ବ୍ୟାଖ୍ୟା କରିପାରେ (ଜନସନ୍ ଏଟ୍ ଅଲ୍., 2019; ଲାଗୋଡ୍ ଏବଂ ନାସେର, 2023)। ଉଦାହରଣ ସ୍ୱରୂପ, ASD ଥିବା ପ୍ରାଣୀ ଏବଂ ମଣିଷଙ୍କ ମଧ୍ୟରେ ବ୍ୟାକ୍ଟେରୋଏଡେଟ୍ସ ପ୍ରଜାତିରେ ବୃଦ୍ଧି କିମ୍ବା ହ୍ରାସ ଦେଖାଯାଇଛି (ଆଞ୍ଜେଲିସ୍ ଏଟ୍ ଅଲ୍, 2013; କୁଶକ ଏଟ୍ ଅଲ୍, 2017)। ସେହିପରି, ପ୍ରଦାହଜନକ ଅନ୍ତନଳୀ ରୋଗ ଥିବା ରୋଗୀଙ୍କ ଅନ୍ତନଳୀ ଗଠନର ଅଧ୍ୟୟନ ସମାନ ଟିକସରେ ବୃଦ୍ଧି ଏବଂ ହ୍ରାସ ଉଭୟ ପାଇଛି (ୱାଲ୍ଟର୍ସ ଏଟ୍ ଅଲ୍, 2014; ଫୋର୍ବସ୍ ଏଟ୍ ଅଲ୍, 2018; ଉପାଧ୍ୟାୟ ଏଟ୍ ଅଲ୍, 2023)। ଲିଙ୍ଗ ପକ୍ଷପାତର ପ୍ରଭାବକୁ ସୀମିତ କରିବା ପାଇଁ, ଆମେ ଲିଙ୍ଗର ସମାନ ପ୍ରତିନିଧିତ୍ୱ ସୁନିଶ୍ଚିତ କରିବାକୁ ଚେଷ୍ଟା କରିଥିଲୁ ଯାହା ଦ୍ଵାରା ପାର୍ଥକ୍ୟଗୁଡ଼ିକ ଖାଦ୍ୟ ଦ୍ୱାରା ପରିଚାଳିତ ହେଉଥିଲା। କାର୍ଯ୍ୟକ୍ଷମ ଆନୋଟେସନର ଏକ ଚ୍ୟାଲେଞ୍ଜ ହେଉଛି ଅନାବଶ୍ୟକ ଜିନ୍ କ୍ରମଗୁଡ଼ିକୁ ଅପସାରଣ କରିବା। ଆମର ଜିନ୍ କ୍ଲଷ୍ଟରିଂ ପଦ୍ଧତିରେ 95% କ୍ରମ ପରିଚୟ ଏବଂ 85% ଲମ୍ବ ସମାନତା, ଏବଂ ମିଥ୍ୟା କ୍ଲଷ୍ଟରିଂକୁ ଦୂର କରିବା ପାଇଁ 90% ଆଲାଇନ୍ମେଣ୍ଟ କଭରେଜ୍ ଆବଶ୍ୟକ। ତଥାପି, କିଛି କ୍ଷେତ୍ରରେ, ଆମେ ସମାନ ଆନୋଟେସନ (ଯଥା, MUT) ସହିତ COGs ଦେଖିଲୁ (ଚିତ୍ର 6)। ଏହି ଅର୍ଥୋଲୋଗଗୁଡ଼ିକ ସ୍ପଷ୍ଟ କି, ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟ ଜେନେରା ସହିତ ଜଡିତ କି, କିମ୍ବା ଏହା ଜିନ୍ କ୍ଲଷ୍ଟରିଂ ପଦ୍ଧତିର ଏକ ସୀମା କି ତାହା ନିର୍ଣ୍ଣୟ କରିବା ପାଇଁ ଅଧିକ ଅଧ୍ୟୟନ ଆବଶ୍ୟକ। କାର୍ଯ୍ୟକ୍ଷମ ଆନୋଟେସନର ଆଉ ଏକ ସୀମା ହେଉଛି ସମ୍ଭାବ୍ୟ ଭୁଲ ବର୍ଗୀକରଣ; ଜୀବାଣୁ ଜିନ୍ mmdA ହେଉଛି ପ୍ରୋପିଓନେଟ୍ ସଂଶ୍ଳେଷଣରେ ଜଡିତ ଏକ ଜଣାଶୁଣା ଏନଜାଇମ୍, କିନ୍ତୁ KEGG ଏହାକୁ ପ୍ରୋପିଓନେଟ୍ ମେଟାବୋଲିକ୍ ପଥ ସହିତ ଜଡିତ କରେ ନାହିଁ। ବିପରୀତରେ, scpB ଏବଂ mmcD ଅର୍ଥୋଲୋଗଗୁଡ଼ିକ ଜଡିତ। ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟ ନକଆଉଟ୍ ବିନା ବହୁ ସଂଖ୍ୟକ ଜିନ୍ ଜିନ୍ ପ୍ରଚୁରତା ମୂଲ୍ୟାଙ୍କନ କରିବା ସମୟରେ PPA-ସମ୍ବନ୍ଧୀୟ ଜିନ୍ ଚିହ୍ନଟ କରିବାରେ ଅସମର୍ଥ ହୋଇପାରେ। ଭବିଷ୍ୟତ ଅଧ୍ୟୟନ ମେଟାଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପ୍ଟୋମ୍ ବିଶ୍ଳେଷଣରୁ ଲାଭ ପାଇବ, ଯାହା ଅନ୍ତନଳୀ ମାଇକ୍ରୋବାୟୋଟାର କାର୍ଯ୍ୟକ୍ଷମ ବୈଶିଷ୍ଟ୍ୟଗୁଡ଼ିକର ଗଭୀର ବୁଝାମଣା ପ୍ରଦାନ କରିପାରିବ ଏବଂ ଜିନ୍ ପ୍ରକାଶନକୁ ସମ୍ଭାବ୍ୟ ଡାଉନଷ୍ଟ୍ରିମ୍ ପ୍ରଭାବ ସହିତ ଲିଙ୍କ କରିପାରିବ। ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟ ନ୍ୟୁରୋଡେଭଲପମେଣ୍ଟାଲ୍ ବ୍ୟାଧି କିମ୍ବା ପ୍ରଦାହଜନକ ଅନ୍ତନଳୀ ରୋଗ ସମ୍ବନ୍ଧିତ ଅଧ୍ୟୟନ ପାଇଁ, ମାଇକ୍ରୋବାୟୋମ୍ ରଚନାରେ ପରିବର୍ତ୍ତନଗୁଡ଼ିକୁ ଏହି ବ୍ୟାଧି ସହିତ ଲିଙ୍କ କରିବା ପାଇଁ ପ୍ରାଣୀଙ୍କ ଶାରୀରିକ ଏବଂ ଆଚରଣଗତ ମୂଲ୍ୟାଙ୍କନ ଆବଶ୍ୟକ। ଅନ୍ତନଳୀ ମାଇକ୍ରୋବାୟୋମ୍କୁ ଜୀବାଣୁ-ମୁକ୍ତ ମୂଷାରେ ପ୍ରତିରୋପଣ କରିବା ଅତିରିକ୍ତ ଅଧ୍ୟୟନ ମଧ୍ୟ ମାଇକ୍ରୋବାୟୋମ୍ ରୋଗର ଡ୍ରାଇଭର କିମ୍ବା ବୈଶିଷ୍ଟ୍ୟ କି ନାହିଁ ତାହା ନିର୍ଣ୍ଣୟ କରିବା ପାଇଁ ଉପଯୋଗୀ ହେବ।
ସଂକ୍ଷେପରେ, ଆମେ ଦର୍ଶାଇଛୁ ଯେ ଖାଦ୍ୟପେୟ PPA ଅନ୍ତନଳୀ ମାଇକ୍ରୋବାୟୋଟାର ଗଠନ ପରିବର୍ତ୍ତନ କରିବାରେ ଏକ କାରକ ଭାବରେ କାର୍ଯ୍ୟ କରେ। PPA ହେଉଛି ଏକ FDA-ଅନୁମୋଦିତ ସଂରକ୍ଷଣକାରୀ ଯାହା ବିଭିନ୍ନ ଖାଦ୍ୟରେ ବ୍ୟାପକ ଭାବରେ ମିଳେ ଯାହା ଦୀର୍ଘକାଳୀନ ସଂସ୍ପର୍ଶରେ ଆସିଲେ, ସାଧାରଣ ଅନ୍ତନଳୀର ଉଦ୍ଭିଦରେ ବାଧା ସୃଷ୍ଟି କରିପାରେ। ଆମେ ଅନେକ ଜୀବାଣୁର ପ୍ରଚୁରତାରେ ପରିବର୍ତ୍ତନ ପାଇଲୁ, ଯାହା ସୂଚାଇ ଦେଉଛି ଯେ PPA ଅନ୍ତନଳୀ ମାଇକ୍ରୋବାୟୋଟାର ଗଠନକୁ ପ୍ରଭାବିତ କରିପାରେ। ମାଇକ୍ରୋବାୟୋଟାରେ ପରିବର୍ତ୍ତନ କିଛି ମେଟାବୋଲିକ୍ ପଥଗୁଡ଼ିକର ସ୍ତରକୁ ପରିବର୍ତ୍ତନ କରିପାରେ, ଯାହା ହୋଷ୍ଟ ସ୍ୱାସ୍ଥ୍ୟ ପାଇଁ ପ୍ରାସଙ୍ଗିକ ଶାରୀରିକ ପରିବର୍ତ୍ତନ ଆଣିପାରେ। ମାଇକ୍ରୋବାୟୋଲା ରଚନା ଉପରେ ଖାଦ୍ୟପେୟର PPA ର ପ୍ରଭାବ ଡିସବାୟୋସିସ୍ କିମ୍ବା ଅନ୍ୟାନ୍ୟ ରୋଗ ସୃଷ୍ଟି କରିପାରେ କି ନାହିଁ ତାହା ନିର୍ଣ୍ଣୟ କରିବା ପାଇଁ ଆହୁରି ଅଧ୍ୟୟନ ଆବଶ୍ୟକ। ଏହି ଅଧ୍ୟୟନ ଅନ୍ତନଳୀ ରଚନା ଉପରେ PPA ର ପ୍ରଭାବ କିପରି ମାନବ ସ୍ୱାସ୍ଥ୍ୟକୁ ପ୍ରଭାବିତ କରିପାରେ ସେ ବିଷୟରେ ଭବିଷ୍ୟତ ଅଧ୍ୟୟନ ପାଇଁ ମୂଳଦୁଆ ସ୍ଥାପନ କରେ।
ଏହି ଅଧ୍ୟୟନରେ ଉପସ୍ଥାପିତ ଡାଟାସେଟ୍ଗୁଡ଼ିକ ଅନଲାଇନ୍ ସଂଗ୍ରହାଳୟରେ ଉପଲବ୍ଧ। ସଂଗ୍ରହାଳୟର ନାମ ଏବଂ ପ୍ରବେଶ ନମ୍ବର ହେଉଛି: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/, PRJNA1092431।
ଏହି ପ୍ରାଣୀ ଅଧ୍ୟୟନକୁ କେନ୍ଦ୍ରୀୟ ଫ୍ଲୋରିଡା ବିଶ୍ୱବିଦ୍ୟାଳୟର ପ୍ରତିଷ୍ଠାନ ପଶୁ ଯତ୍ନ ଏବଂ ବ୍ୟବହାର କମିଟି (UCF-IACUC) (ପଶୁ ବ୍ୟବହାର ଅନୁମତି ନମ୍ବର: PROTO202000002) ଦ୍ୱାରା ଅନୁମୋଦିତ କରାଯାଇଥିଲା। ଏହି ଅଧ୍ୟୟନ ସ୍ଥାନୀୟ ଆଇନ, ନିୟମାବଳୀ ଏବଂ ଅନୁଷ୍ଠାନିକ ଆବଶ୍ୟକତା ସହିତ ପାଳନ କରେ।
NG: ଧାରଣାକରଣ, ତଥ୍ୟ ପରିଚାଳନା, ଆନୁଷ୍ଠାନିକ ବିଶ୍ଳେଷଣ, ତଦନ୍ତ, ପଦ୍ଧତି, ସଫ୍ଟୱେର୍, ଭିଜୁଆଲାଇଜେସନ୍, ଲେଖା (ମୂଳ ଡ୍ରାଫ୍ଟ), ଲେଖା (ସମୀକ୍ଷା ଏବଂ ସମ୍ପାଦନା)। LA: ଧାରଣାକରଣ, ତଥ୍ୟ ପରିଚାଳନା, ପଦ୍ଧତି, ସମ୍ବଳ, ଲେଖା (ସମୀକ୍ଷା ଏବଂ ସମ୍ପାଦନା)। SH: ଆନୁଷ୍ଠାନିକ ବିଶ୍ଳେଷଣ, ସଫ୍ଟୱେର୍, ଲେଖା (ସମୀକ୍ଷା ଏବଂ ସମ୍ପାଦନା)। SA: ତଦନ୍ତ, ଲେଖା (ସମୀକ୍ଷା ଏବଂ ସମ୍ପାଦନା)। ମୁଖ୍ୟ ବିଚାରପତି: ତଦନ୍ତ, ଲେଖା (ସମୀକ୍ଷା ଏବଂ ସମ୍ପାଦନା)। SN: ଧାରଣାକରଣ, ପ୍ରକଳ୍ପ ପ୍ରଶାସନ, ସମ୍ବଳ, ତଦାରଖ, ଲେଖା (ସମୀକ୍ଷା ଏବଂ ସମ୍ପାଦନା)। TA: ଧାରଣାକରଣ, ପ୍ରକଳ୍ପ ପ୍ରଶାସନ, ତଦାରଖ, ଲେଖା (ସମୀକ୍ଷା ଏବଂ ସମ୍ପାଦନା)।
ଲେଖକମାନେ ଘୋଷଣା କରିଛନ୍ତି ଯେ ସେମାନେ ଏହି ଲେଖାର ଗବେଷଣା, ଲେଖକତା ଏବଂ/ଅଥବା ପ୍ରକାଶନ ପାଇଁ କୌଣସି ଆର୍ଥିକ ସହାୟତା ପାଇନାହାଁନ୍ତି।
ଲେଖକମାନେ ଘୋଷଣା କରିଛନ୍ତି ଯେ ଗବେଷଣାଟି କୌଣସି ବାଣିଜ୍ୟିକ କିମ୍ବା ଆର୍ଥିକ ସମ୍ପର୍କର ଅନୁପସ୍ଥିତିରେ କରାଯାଇଥିଲା ଯାହାକୁ ସ୍ୱାର୍ଥର ଏକ ସମ୍ଭାବ୍ୟ ଦ୍ୱନ୍ଦ୍ୱ ଭାବରେ ବ୍ୟାଖ୍ୟା କରାଯାଇପାରିବ। ପ୍ରଯୁଜ୍ୟ ନୁହେଁ।
ଏହି ଲେଖାରେ ପ୍ରକାଶିତ ସମସ୍ତ ମତାମତ କେବଳ ଲେଖକମାନଙ୍କର ଏବଂ ଏହା ଆବଶ୍ୟକ ନୁହେଁ ଯେ ସେମାନଙ୍କ ଅନୁଷ୍ଠାନ, ପ୍ରକାଶକ, ସମ୍ପାଦକ କିମ୍ବା ସମୀକ୍ଷକଙ୍କ ମତାମତକୁ ପ୍ରତିଫଳିତ କରେ। ଏହି ଲେଖାରେ ମୂଲ୍ୟାଙ୍କିତ ଯେକୌଣସି ଉତ୍ପାଦ କିମ୍ବା ସେମାନଙ୍କର ନିର୍ମାତାଙ୍କ ଦ୍ୱାରା କରାଯାଇଥିବା କୌଣସି ଦାବି ପ୍ରକାଶକଙ୍କ ଦ୍ୱାରା ଗ୍ୟାରେଣ୍ଟି କିମ୍ବା ସମର୍ଥନ କରାଯାଏ ନାହିଁ।
ଏହି ଆର୍ଟିକିଲ୍ ପାଇଁ ପରିପୂରକ ସାମଗ୍ରୀ ଅନଲାଇନରେ ମିଳିପାରିବ: https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/frmbi.2024.1451735/full#supplementary-material
ଆବଡେଲି ଏଲଏସ, ସାମସାମ ଏ, ନାସେର ଏସଏ (୨୦୧୯)। ଅଟିଜିମ୍ ସ୍ପେକ୍ଟ୍ରମ୍ ବ୍ୟାଧିରେ PTEN/AKT ପଥକୁ ନିୟନ୍ତ୍ରଣ କରି ପ୍ରୋପିଓନିକ ଏସିଡ୍ ଗ୍ଲାଇଓସିସ୍ ଏବଂ ନ୍ୟୁରୋଇନ୍ଫ୍ଲେମେଶନ୍ ପ୍ରେରଣା ଦିଏ। ବୈଜ୍ଞାନିକ ରିପୋର୍ଟ 9, 8824–8824। ଡୋଇ: 10.1038/s41598-019-45348-z
ଆଇଚିସନ୍, ଜେ. (୧୯୮୨)। ରଚନାଗତ ତଥ୍ୟର ପରିସଂଖ୍ୟାନ ବିଶ୍ଳେଷଣ। ଜେଆର ଷ୍ଟାଟ୍ ସୋକ୍ ସର୍ ବି ମେଥଡଲ୍। ୪୪, ୧୩୯–୧୬୦। ଡୋଇ: ୧୦.୧୧୧୧/ଜେ.୨୫୧୭-୬୧୬୧.୧୯୮୨.ଟିବି୦୧୯୫.କ୍ସ
ଆହ୍ନ ଜେ, କ୍ୱନ୍ ଏଚ୍, କିମ୍ ୱାଇଜେ (୨୦୨୩)। ସ୍ତନ କର୍କଟ ପାଇଁ ଏକ ବିପଦ କାରକ ଭାବରେ ଫର୍ମିକ୍ୟୁଟ୍ସ/ବ୍ୟାକ୍ଟେରୋଏଡେଟ୍ସ ଅନୁପାତ। ଜର୍ଣ୍ଣାଲ୍ ଅଫ୍ କ୍ଲିନିକାଲ୍ ମେଡିସିନ୍, ୧୨, ୨୨୧୬। ଡୋଇ: ୧୦.୩୩୯୦/ଜେସିଏମ୍ ୧୨୦୬୨୨୧୬
ଆଣ୍ଡର୍ସ ଏସ୍., ହୁବର ଡବ୍ଲୁ. (୨୦୧୦)। କ୍ରମ ଗଣନା ତଥ୍ୟର ଭିନ୍ନକ୍ଷମ ପ୍ରକାଶନ ବିଶ୍ଳେଷଣ। ନାଟ୍ ପୂର୍ବ ୧-୧, ୧-୧୦। ଡୋଇ: ୧୦.୧୦୩୮/ନପ୍ରି.୨୦୧୦.୪୨୮୨.୧
ଆଞ୍ଜେଲିସ୍, ଏମଡି, ପିକୋଲୋ, ଏମ., ଭାନିନି, ଏଲ., ସିରାଗୁସା, ଏସ., ଗିଆକୋମୋ, ଏଡି, ସେରାଜାନେଟି, ଡିଆଇ, ଏଟ୍ ଆଲ୍ (୨୦୧୩)। ଅଟିଜିମ୍ ଏବଂ ବ୍ୟାପକ ବିକାଶମୂଳକ ବ୍ୟାଧି ଥିବା ପିଲାମାନଙ୍କ ମଧ୍ୟରେ ମଳ ମାଇକ୍ରୋବାୟୋଟା ଏବଂ ମେଟାବୋଲୋମ୍ ଅନ୍ୟଥା ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟ କରାଯାଇ ନାହିଁ। PloS One 8, e76993. doi: 10.1371/journal.pone.0076993
ଆଭେରିନା ଓଭି, କୋଭଟୁନ୍ ଏଏସ୍, ପଲିଆକୋଭା ଏସଆଇ, ସାଭିଲୋଭା ଏଏମ୍, ରେବ୍ରିକୋଭ୍ ଡିଭି, ଡାନିଲେଙ୍କୋ ଭିଏନ୍ (୨୦୨୦)। ଅଟିଜିମ୍ ସ୍ପେକ୍ଟ୍ରମ୍ ଡିସଅର୍ଡର ଥିବା ଛୋଟ ପିଲାମାନଙ୍କ ମଧ୍ୟରେ ଅନ୍ତନଳୀ ମାଇକ୍ରୋବାୟୋଟାର ଜୀବାଣୁ ନ୍ୟୁରୋମେଟାବୋଲିକ୍ ବୈଶିଷ୍ଟ୍ୟ। ଜର୍ଣ୍ଣାଲ୍ ଅଫ୍ ମେଡିକାଲ୍ ମାଇକ୍ରୋବାୟୋଲୋଜି ୬୯, ୫୫୮–୫୭୧। ଡୋଇ: ୧୦.୧୦୯୯/ଜେଏମ୍ଏମ୍.୦.୦୦୧୧୭୮
ବାକ୍ୱେରୋ ଏଫ୍., ନୋମ୍ବେଲା କେ. (୨୦୧୨)। ମାନବ ଅଙ୍ଗ ଭାବରେ ମାଇକ୍ରୋବାଇଓମ୍। କ୍ଲିନିକାଲ୍ ମାଇକ୍ରୋବାଇଲୋଜି ଏବଂ ସଂକ୍ରମଣ ୧୮, ୨-୪। ଡୋଇ: ୧୦.୧୧୧୧/ଜେ.୧୪୬୯-୦୬୯୧.୨୦୧୨.୦୩୯୧୬.x
ବାଉର ଟି., ଡୁରେ ପି. (୨୦୨୩)। ପ୍ରୋପିଓନିକ ଏସିଡ୍-ଉତ୍ପାଦକ ଜୀବାଣୁର ଶରୀର ବିଜ୍ଞାନ ବିଷୟରେ ନୂତନ ଅନ୍ତର୍ଦୃଷ୍ଟି: ଆନାଏରୋଟିଗନମ୍ ପ୍ରୋପିଓନିକମ୍ ଏବଂ ଆନାଏରୋଟିଗନମ୍ ନିଓପ୍ରୋପିଓନିକମ୍ (ପୂର୍ବରୁ କ୍ଲୋଷ୍ଟ୍ରିଡିୟମ୍ ପ୍ରୋପିଓନିକମ୍ ଏବଂ କ୍ଲୋଷ୍ଟ୍ରିଡିୟମ୍ ନିଓପ୍ରୋପିଓନିକମ୍)। ଅଣୁଜୀବ ୧୧, ୬୮୫। ଡୋଇ: ୧୦.୩୩୯୦/ଅଣୁଜୀବ ୧୧୦୩୦୬୮୫
Bazer FW, Spencer TE, Wu G, Cudd TA, Meininger SJ (2004) | ମାତୃ ପୁଷ୍ଟିକର ଏବଂ ଭ୍ରୁଣ ବିକାଶ | J Nutr 134, 2169-2172 doi: 10.1093 / jn / 134.9.2169
ବେଞ୍ଜାମିନି, ୱାଇ., ଏବଂ ହୋଚବର୍ଗ, ଜେ. (୧୯୯୫)। ମିଥ୍ୟା-ସକାରାତ୍ମକ ହାର ନିୟନ୍ତ୍ରଣ: ବହୁବିଧ ପରୀକ୍ଷଣ ପାଇଁ ଏକ ବ୍ୟବହାରିକ ଏବଂ ଦକ୍ଷ ପଦ୍ଧତି। ଜେଆର ଷ୍ଟାଟ ସୋକ୍ ସର୍ ବି ମେଥଡୋଲ। ୫୭, ୨୮୯–୩୦୦। ଡୋଇ: ୧୦.୧୧୧୧/ଜେ.୨୫୧୭-୬୧୬୧.୧୯୯୫.ଟିବି୦୨୦୩୧.କ୍ସ